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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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LASTZ安装  

2015-06-02 10:02:15|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://www.bx.psu.edu/miller_lab/dist/README.lastz-1.02.00/README.lastz-1.02.00a.html
1.下载、安装

http://www.bx.psu.edu/miller_lab/dist/lastz-1.02.00.tar.gz

tar -xvzf lastz-1.02.00.tar.gz
cd lastz-distrib-1.02.00/src
make
make install

2.例子
lastz sequence1.fasta sequence2.fasta (比较两条序列)

lastz Chromosome.fasta contigs.fa --ambiguous=n --gfextend --chain --gapped --format=general: name1,start1,length1,name2,start2,strand2,coverage,nmatch,nmismatch,identity > result.lastz

其他参数:
gfextend/nogfextend
Perform/Skip gap-free extension of seeds to HSPs (high scoring segment pairs)
chain/nochain
Perform/Skip chaining of HSPs.
gapped/nogapped
Perform/Skip gapped extension of HSPs.
format
Output format. Type <general> performs a tabular file.
(detail: http://www.bx.psu.edu/miller_lab/dist/README.lastz-1.02.00/README.lastz-1.02.00a.html#option_format)
ambiguous=n
Treat each N in the input sequences as an ambiguous nucleotide. Substitutions with N are scored as zero.
ambiguous=iupac
Treat each of the IUPAC-IUB ambiguity codes (B, D, H, K, M, R, S, V, W, Y as well as N) in the input sequences as a completely ambiguous nucleotide. Substitutions with these characters are scored as zero.

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