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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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mafft7安装  

2015-05-07 10:53:43|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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mafft是一个很优秀的alignment程序,http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/
下面大致说一下安装方法。

1. COMPILE  这种方法是要求有root权限的,默认是安装到
/usr/local下面的
     % cd core
     % make clean
     % make
     % cd ..

     To enable multithreading (linux only),
     % cd core
     Uncomment line 8 of Makefile,
         ENABLE_MULTITHREAD = -Denablemultithread
     % make clean
     % make
     % cd ..
     
     If you have the './extensions' directory, which is for RNA alignments,
     % cd extensions
     % make clean
     % make
     % cd ..


2. INSTALL (select 2a or 2b [])
2a. Install as root
     # cd core
     # make install
     # cd ..

     If you have the './extensions' directory,
     # cd extensions
     # make install
     # cd ..

     By this procedure (2a), programs are installed into
     /usr/local/bin/. Some binaries, which are not directly
     used by a user, are installed into /usr/local/libexec/mafft/.

     If the MAFFT_BINARIES environment variable is set to /somewhare/else/,
     the binaries in the /somewhere/else/ directory are used, instead
     of those in /usr/local/libexec/mafft/.

2b. Install without being root  这种方法是普通用户安装的,可以指定到自己想安装的目录下面
     % cd core/
          Edit the first line of Makefile # 修改core目录中的Makefile文件,把 PREFIX = ${PKGDIR}/usr/local 修改成你想安装的目录的路径,下面就是make ,make install 就好,执行文件就会安装到你指定的目录下面了。
          From:
          PREFIX = ${PKGDIR}/usr/local
          To:
          PREFIX = /home/your_home/somewhere

          Edit the third line of Makefile
          From:
          BINDIR = $(PREFIX)/bin
          To:
          BINDIR = /home/your_home/bin
                   (or elsewhere in your command-search path)
     % make clean
     % make
     % make install

     If you have the './extensions' directory,
     % cd ../extensions/
          Edit the first line of Makefile
          From:
          PREFIX = ${PKGDIR}/usr/local
          To:
          PREFIX = /home/your_home/somewhere
     % make clean
     % make
     % make install

     The MAFFT_BINARIES environment variable *must not be* set.

     If the MAFFT_BINARIES environment variable is set to /somewhare/else/,
     it overrides the setting of PREFIX (/home/your_home/somewhere/ in the
     above example) in Makefile.
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