注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

日志

 
 
关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

网易考拉推荐

RAD-Seq-STACKS安装使用  

2014-06-06 21:47:41|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
http://creskolab.uoregon.edu/stacks/
http://creskolab.uoregon.edu/stacks/manual/
自从我们研究组的利用RAD-Seq做系统发育的文章http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420138306424403/发表以来,不断有博友和群友发邮件来问STACKS的使用。
1.按照作者的安装步骤安装STACKS,MYSQL和 Apache server WEB服务器
MYSQL和 Apache server WEB服务器是计算机专业的知识,所以对生物相关专业的学生来说,有些难度。但是,想使用,没有办法,只能按照作者的安装要求一步一步安装(安装时,要用root用户) 吧。
2. 其实,MYSQL和 Apache server WEB服务器只是显示SNP位点,对于结果并没有影响,可以不用安装这两个软件。那么,STACKS可以这样使用。
        A,分步运行  ustacks   cstacks等吧
        B,直接运行denovo_map.pl,但是这个要修改一下denovo_map.pl程序的源码,在这个程序中作者是强行调用了MYSQL数据库,所以,如果MSYQL没有安装或者配置错误,那denovo_map.pl就会报错。
可以这样如下修改:就可以运行了。
第39行
#my $sql          = 1;
my $sql          = 0;
本人用的是
denovo_map.pl。
由于最近一段时间比较忙,没有及时回复博友和群友的邮件及QQ留言,在此表示歉意。
其实RAD-SEQ测序,然后用STACKS CALL SNP,然后利用SNP建系统发育树,也有很大的问题。群体越多,那么"N",就会越多,这样系统发育树就可能不准确,因为我们都知道missing data是影响系统发育树结果的。
那么,现在流行线粒体全基因组,叶绿体全基因组,转录组http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/186991542013830103951536/,甚至核基因全基因组来做系统发育。
我们做的也比较粗浅,
希望对各位有所帮助。
  评论这张
 
阅读(1280)| 评论(1)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2016