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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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Genome Res:6种不同海拔生存犬类全基因组测序  

2014-05-13 10:59:14|  分类: 遗传与基因组学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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  近日,国际基因组研究领域杂志Genome Research 在线刊登了中国科学院上海生命科学研究院/中国科学院系统生物学重点实验室研究员李亦学课题组与云南农业大学、中国农业大学等单位合作研究成果Whole genome sequencing of six dog breeds from continuous altitudes reveals adaption to high-altitude hypoxia. 研究团队通过对不同海拔生存的犬类群体基因组进行系统地比较分析发现了犬类的高原适应机制,研究结果同样揭示了高原犬类(如藏獒) 和高原居住人群在高原适应过程中的趋同进化过程。

   为了揭示犬类适应高海拔低氧环境的遗传机制,中国科学院上海生命科学研究院研究组沿青藏高原的茶马古道采集了六种品系的犬类共计60个样本,采用全基因组 深度测序的方法,总数据量达到6.75T,是迄今最大的犬类重测序项目。这也是第一次揭示藏獒这种世界上最古老和最凶猛的犬类的遗传多态性。

研究组在不同海拔的犬类的基因组中鉴定到了高度分化的区域,其中包含的基因如EPAS1和HBB,在人类或其他动物中都与高原低氧的适应性有关。特别是研 究组在高海拔犬类的EPAS1基因中发现了四个全新的氨基酸突变,其中一个发生在PAS结构域的一个高度保守的位点上。研究组在更大的样本上验证了这个突 变,并通过与生理指标的关联分析表明它与血流阻力的降低有关。

   有趣的是,EPAS1也与藏族人群的高原适应性有关,但是人类中却没有鉴定到EPAS1的编码区突变。这些结果表明,高原犬类与高原人群在低氧适应方面存在协同进化,同时也为研究EPAS1在这一适应过程中的作用提供了新的启示。

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