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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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[转]科学家完成迄今最大基因组测序  

2014-04-02 15:03:05|  分类: 遗传与基因组学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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科学家完成迄今最大基因组测序


Largest Genome Ever Sequenced

 
生长在美国佐治亚州奥古斯塔国家高尔夫俱乐部第17 号洞附近的火炬松(Pinus taeda)曾挡住了美国前总统德怀特·戴维·艾森豪威尔的很多杆球。1956年,他曾试图砍掉这棵树。如今,火炬松正在书写一段与众不同的历史:火炬松 的基因组有221.8亿个碱基对——约为人类基因组的7倍多,是目前已完成测序的最大基因组。
 
火炬松原产于美国东南部,是美国南方松中重要的速生针叶用材树种。在基因测序工作伊始,火炬松就被确定为研究对象。然而,火炬松基因组的庞大规模给传统的全基因组“鸟枪法”测序(只能对短的基因组片段进行测序)出了一道难题。
 
新研究中,研究人员改进了原有的“鸟枪法”——利用基因克隆方法对单独的DNA片段进行预处理,因而能够更容易地拼装出一个完整的基因组。该团队发现,82%的火炬松基因组由重复的基因片段组成——而人类基因组中重复的基因片段只占25%。研究人员将该结果发表于近日的《基因组生物学》《遗传学》杂志上。研究人员还确定了能解释火炬松重要特性(例如抗病性、木材形成、应激反应)的基因。
来源:
http://paper.sciencenet.cn//htmlpaper/20144212504954032455.shtm
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