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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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[转]ggplot2绘图入门系列之一:导论  

2014-02-19 12:25:59|  分类: R&Bioconductor |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://xccds1977.blogspot.jp/2012/01/ggplot2.html 
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30分钟学会ggplot2 http://ishare.iask.sina.com.cn/f/34823855.html

ggplot2绘图入门系列之一:导论

1 什么是ggplot2
ggplot2是用于绘图的R语言扩展包,其理念根植于《Grammar of Graphics》一书。它将绘图视为一种映射,即从数学空间映射到图形元素空间。例如将不同的数值映射到不同的色彩或透明度。该绘图包的特点在于并不去 定义具体的图形(如直方图,散点图),而是定义各种底层组件(如线条、方块)来合成复杂的图形,这使它能以非常简洁的函数构建各类图形,而且默认条件下的 绘图品质就能达到出版要求。

2 与lattice包的比较
ggplot2和lattice都属于高级的格点绘图包,初学R语言的朋友可能会在二者选择上有所疑惑。从各自特点上来看,lattice入门较容易,作 图速度较快,图形函数种类较多,比如它可以进行三维绘图,而ggplot2就不能。ggplot2需要一段时间的学习,但当你跨过这个门槛之后,就能体会 到它的简洁和优雅,而且ggplot2可以通过底层组件构造前所未有的图形,你所受到的限制只是你的想象力。


建议两种绘图包都可以研究一下。如果时间紧张,需要在一两天之内为论文做一张图,那么推荐用lattice,如果时间充裕,推荐学习ggplot2。

3 基本概念

  • 图层(Layer):如果你用过photoshop,那么对于图层一定不会陌生。一个图层好比是一张玻璃纸,包含有各种图形元素,你可以分别建立 图层然后叠放在一起,组合成图形的最终效果。图层可以允许用户一步步的构建图形,方便单独对图层进行修改、增加统计量、甚至改动数据。
  • 标度(Scale):标度是一种函数,它控制了数学空间到图形元素空间的映射。一组连续数据可以映射到X轴坐标,也可以映射到一组连续的渐变色彩。一组分类数据可以映射成为不同的形状,也可以映射成为不同的大小。
  • 坐标系统(Coordinate):坐标系统控制了图形的坐标轴并影响所有图形元素,最常用的是直角坐标轴,坐标轴可以进行变换以满足不同的需要,如对数坐标。其它可选的还有极坐标轴。
  • 位面(Facet):很多时候需要将数据按某种方法分组,分别进行绘图。位面就是控制分组绘图的方法和排列形式。

4 一个例子
下面用ggplot2包内带的汽车测试数据(mpg)来举个例子,用到的三个变量分别是发动机容量(displ)、高速公路上的每加仑行驶里数 (hwy)、汽缸数目(cyl)。首先加载ggplot2包,然后用ggplot定义第一层即数据来源。其中aes参数非常关键,它将displ映射到X 轴,将hwy映射到Y轴,将cyl变为分类数据后映射为不同的颜色。然后使用+号添加了两个新的图层,第二层是加上了散点,第三层是加上了loess平滑 曲线。
library(ggplot2)
p <- ggplot(data=mpg,aes(x=displ,y=hwy,colour=factor(cyl)))
p + geom_point() + geom_smooth()
[zz]ggplot2绘图入门系列之一:导论
上图是对几种不同汽缸的数据分别平滑,如果需要对整体数据进行平滑,可将colour参数设置在散点图层内而非第一层,这样第三层的平滑图形就不会受到colour参数的影响。
p <- ggplot(mpg,aes(x=displ,y=hwy))
p + geom_point(aes(colour=factor(cyl))) + geom_smooth()
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