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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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Raw Data的数据处理过程  

2014-01-24 10:06:59|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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对于细菌污染的数据,可以用BOWTIE,BWA,BLAST与细菌的基因组BLAST,然后再去除
http://sourceforge.net/projects/deconseq/files/
Fast Identification and Removal of Sequence Contamination from Genomic and Metagenomic Datasets
BAC库要求去除vector,LUCY2,Seqclean

LLUMINA去adapter和低质量的碱基,Trimmonmatic
去除duplication 的reads,SEAL

组装的结果合并GAM-NGS

2001.12 DNA sequence quality trimming and vector removal_LUCY
2011.07 SEAL a distributed short read mapping and duplicate removal tool.pdf

2012 Trimmonmatic RobiNA: a user-friendly, integrated software solution for RNA-Seq-based transcriptomics

2012.05 GAM-NGS genomic assemblies merger for next generation sequencing
对于细菌污染的数据,可以用BOWTIE2,BWA,BLAST与细菌的基因组BLAST,然后再去除

也可以用下面的软件
http://sourceforge.net/projects/deconseq/files/
Fast Identification and Removal of Sequence Contamination from Genomic and Metagenomic Datasets


BAC库要求去除vector,LUCY2,Seqclean,或者BOWTIE2 MAPPING到VECTOR序列,用LOCAL模式
ILLUMINA去adapter和低质量的碱基,Trimmonmatic
去除duplication 的reads,SEAL

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