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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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小须鲸-姥鲨-甜菜-淡水原生生物Reticulomyxa filosa基因组  

2014-01-13 10:30:02|  分类: 遗传与基因组学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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种属:小须鲸(Balaenoptera acutorostrata)
基因组:约2.5 billion bp
韩国科学家与华大基因合作对小须鲸基因组进行了测序,文章于去年11月24日发表在Nature Genetics杂志上。
研究人员从小须鲸肌肉中提取DNA构建参考基因组,然后对另外三只小须鲸进行了重测序。他们总共在这种动物的基因组中发现了20,605个基因和2,598个非编码RNA,并在其中鉴定了494个小须鲸特有的基因家族,包括应对环境压力所需的基因。鲸类动物常常遇到的环境压力是在其深潜时的低氧条件,小须鲸基因组含有不少专门应对这一问题的基因。此外,研究人员还发现了与牙齿形成有关的假基因,这不足为奇因为小须鲸只有鲸须没有牙齿。研究显示,与其他哺乳动物相比,小须鲸的嗅觉受体基因也少得多。
 (Nature子刊:华大基因参与破译鲸鱼全基因组图谱http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-11/2013112755847477.htm
 
种属:姥鲨(Callorhinchus milii)
基因组:937 million bp
在进化史中,无颌向有颌脊椎动物的进化是一个重要事件,软骨鱼类和硬骨脊椎动物就是在此基础上进化而来的。姥鲨(Callorhinchus milii)就是一种软骨鱼。现在,研究者们测序了姥鲨的基因组,并将结果发表在一月八日Nature杂志上。研究显示,在目前测序的脊椎动物中姥鲨的基因组进化最慢。

研究人员通过测序一只雄性姥鲨的基因组DNA,预测了18,872个蛋白编码基因和693个microRNA基因,其中一些基因只在特定组织表达。他们发现姥鲨基因组缺乏一些硬骨形成的必须基因,并指出这就是姥鲨缺少硬骨的原因。此外,研究团队对涉及适应性免疫的基因进行分析,发现姥鲨基因组虽然编码MHC- II类分子(主要组织相容性复合体),但它缺乏许多与CD4 T细胞发育有关的基因。研究显示,姥鲨的内含子-外显子基因结构改变很少,说明其基因组的分子进化极为缓慢。
 
“总的来说,在所有已测序的脊椎动物中,姥鲨基因组的进化最慢。他可以成为理想的模型,帮助人们推测远古软骨鱼和有颌类的基因组,”作者写道。(Nature新文章:解码姥鲨基因组http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-1/201419121309941.htm
 
种属:甜菜(Beta vulgaris ssp. vulgaris)
基因组:约714-758?million bp
甜菜(Beta vulgaris ssp. vulgaris)在全球糖产量中的比重超过30%。现在,欧洲的研究者们构建了甜菜的参考基因组,文章于去年十二月十八日发表在Nature杂志上。

研究人员通过Roche/454、Illumina和Sanger测序,建立了双单倍体甜菜的参考基因组。他们预测了27,42个蛋白编码基因,并在序列同源性的基础上进行了注释。研究显示,重复序列约占甜菜参考基因组的42%,例如长末端重复反转录转座子。此外,研究人员还预测了3,005个非编码RNA,包括tRNA、microRNA和核糖体RNA。为了更好的理解种间差异,研究人员对另外四种甜菜也进行了测序。
甜菜是第一个被测序的石竹科(Caryophyllales)成员,它的基因组将成为相关工作的重要参考。(Nature破解甜菜基因组秘密http://www.ebiotrade.com/newsf/2013-12/20131223112234199.htm
  
种属:淡水原生生物Reticulomyxa filosa
基因组:约320 million base bp
Reticulomyxa filosa是生活在淡水中的单细胞原生生物,属于有孔虫门有孔虫界。由于这类生物很难培养,此前只有一个同类生物被测序。一月六日,德国、瑞士和埃及的研究人员在Current Biology杂志上发布了R. filosa的基因组。

研究人员以无细胞的多核体系(含有数千细胞核)培养R. filosa,并从中提取DNA在Roche/454和Illumina平台上进行测序。他们发现R. filosa的基因组高度重复,其中包含40,443个蛋白编码基因。研究显示,上述基因中约半数是R. filosa独有的。这些R. filosa的独有基因编码一类马达蛋白,即驱动蛋白kinesin。研究人员指出,遗传学证据显示,R. filosa能够从无细胞的多核体系,转变为有鞭毛有性别的单个细胞。不过,这一现象还从未在实验室中观察到。
 
“R. filosa代表着目前很难取样的一类生物,可以帮助人们进一步了解有孔虫界及其进化过程,”作者在文章中写道。“这一信息可以帮助我们进一步确定,真核生物最少需要多少基因。”
 
原文:
 
Minke whale genome and aquatic adaptation in cetaceans
Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution
The genome of the recently domesticated crop plant sugar beet (Beta vulgaris)
The Genome of the Foraminiferan Reticulomyxa filosa

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