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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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【转】Trimmonmatic进行NGS reads的过滤与修剪  

2013-10-18 10:30:24|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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另一个是FASTQC http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201391604425510/


http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/

1. Trimmomatic

http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic


Trimmomatic使用JAVA运行,速度快。同时该软件进行reads QC的原理非常好。因此,最推荐使用此软件进行NGS reads的QC。
参考文献:Lohse M, Bolger AM, Nagel A, Fernie AR, Lunn JE, Stitt M, Usadel B. RobiNA: a user-friendly, integrated software solution for RNA-Seq-based transcriptomics. Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W622-7.

2. 常用例子

java -jar /opt/biosoft/Trimmomatic-0.30/trimmomatic-0.30.jar PE \
-threads 20 -phred33 reads1.fastq reads2.fastq \
reads1.clean.fastq reads1.unpaired.fastq reads2.clean.fastq reads2.unpaired.fastq \
ILLUMINACLIP:/opt/biosoft/Trimmomatic-0.30/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50

3. 使用参数

有关该软件的详细使用方法,见: Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data

PE/SE
    设定对Paired-End或Single-End的reads进行处理,其输入和输出参数稍有不一样。
-threads
    设置多线程运行数
-phred33
    设置碱基的质量格式,可选pred64
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10
    切除adapter序列。参数后面分别接adapter序列的fasta文件:允许的最大mismatch
数:palindrome模式下匹配碱基数阈值:simple模式下的匹配碱基数阈值。
LEADING:3
    切除首端碱基质量小于3的碱基
TRAILING:3
    切除尾端碱基质量小于3的碱基
SLIDINGWINDOW:4:15
    Perform a sliding window trimming。Windows的size是4个碱基,其平均碱基
质量小于15,则切除。
MINLEN:50
    最小的reads长度
CROP:<length>
    保留reads到指定的长度
HEADCROP:<length>
    在reads的首端切除指定的长度
TOPHRED33
    将碱基质量转换为pred33格式
TOPHRED64
    将碱基质量转换为pred64格式
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