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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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RAD-Seq技术及分析软件  

2013-09-30 18:53:28|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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 http://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_site_associated_DNA_markers


http://ngs-expert.com/tag/rad-seq/


https://www.wiki.ed.ac.uk/display/RADSequencing/Home

http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=491809&do=blog&id=444728

http://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.1mj31/1

酶切位点相关DNA 测序(restriction site-associated DNA sequencing, RAD-Seq)技术,它是指对全基因组中限制性内切酶,酶切位点附近的片段进行测序的方法,类似的还有GBS (Genotyping-by-Sequencing) 。RAD-Seq提供了一个开发SNPs 极为有效的方法,其优点是节省传统测序的试验成本,能够快速准确的定位出数以千计的基因标记,且已广泛的应用于模式生物和非模式生物的相关研究领域中。获得的大量SNP分型信息后可以用于遗传连锁图谱的构建,QTL定位,群体遗传分析,谱系地理分析和系统发育分析等。

目前RAD-Seq的数据分析软件主要是有Stacks(http://creskolab.uoregon.edu/stacks/)和PyRADhttp://code.google.com/p/pyrad/)。



参考文献:

我们已发的文章,关于系统发育的:

Wang XQ, Zhao L, Eaton DA, Li DZ, Guo ZH (2013) Identification of SNP markers for inferring phylogeny in temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae) using RAD sequencing. Molecular Ecology Resources,13(5),938–945.


其他文献:

Eaton DA, Ree RH (2013) Inferring Phylogeny and Introgression using RADseq Data: An Example from Flowering Plants (Pedicularis: Orobanchaceae). Syst Biol.

Cariou, M., Duret, L., and Charlat, S. (2013). Is RAD-seq suitable for phylogenetic inference? an in silico assessment and optimization. Ecology and evolution,3(4),846–852.

Catchen JM, Amores A, Hohenlohe P, Cresko W, Postlethwait JH (2011) Stacks: building and genotyping Loci de novo from short-read sequences. G3 (Bethesda) 1: 171-182.

Emerson KJ, Merz CR, Catchen JM, Hohenlohe PA, Cresko WA, et al. (2010) Resolving postglacial phylogeography using high-throughput sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A 107: 16196-16200.

Miller MR, Dunham JP, Amores A, Cresko WA, Johnson EA (2007) Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD) markers. Genome Res 17: 240-248.



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