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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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基因组可视化程序「Circos」vol.2—Brewer plettes(调色板)  

2013-06-24 13:46:40|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://linxiao.name/archives/141


懂 得色彩的基本知识能让审美有本质的提高,做幻灯的时候经常会觉得自己的配色方案哪哪都不对劲但是怎么调整也难以满意,尽管mac对于颜色的选择丰富一些仍 然缺少选择的基本思路。恩,Brewer调色板也许是一种很好的解决方案,这是一种基于人得视觉模型选择出来的配色方案。

以下内容翻译自http://mkweb.bcgsc.ca/brewer/,想了解更多或者二下载此配色方案(可以直接用于abobe系列的软件,比如Photoshop, Indesign等)可以直接点开这个连接。另外还可以使用Brewer palettes的在线配色工具:http://colorbrewer2.org/

Brewer palettes (Brewer调色板)是挑选出来的颜色组合,适合用于数据可视化。

挑战

为柱状图 (bar plots),饼图 (pie chart)和热度图 (heat maps)选择颜色变得越来越难,因为我们通过软件选择的颜色不能反映我们对颜色的认知。

在已经发表的文献中的图表中,可以找到很多难看的颜色组合。比如,如果将两种类别分为用一种亮色和一种暗色呈现,亮色会更吸引读者的注意力。或者,如果使用两种相近的颜色,读者会本能的将它们归于一组并推断他们的两组数据的变化是相关的。

缺乏对比度的颜色(具有类似的明度)或者具有相同的对比度(纯色)都会对影响对图片的理解。

用RGB和HSV色彩空间选择颜色

大部分人通过RGA滑块来选择颜色,这是一种最差的选择颜色方式!考虑到我们在看一种颜色是,我们很难将其分解为红色,绿色和蓝色。这限制了用RGB选择颜色的实用性。

HSV 是一种更好一些的色彩空间,它将颜色定义为色调 (hue),饱和度 (saturation)和亮度 (value)。这三种特征是当我们直觉上评估颜色的方式。我们会想到“深色的,饱满的蓝色”,或者“亮的,黯淡的红色”,这个特征使HSV色彩空间在选 择颜色中更为使用。但是,HSV有一个缺陷——尽管它基于直观的参数,但是看起来并不统一。

视觉一致性

一种色彩空间的视觉一致性取决于我们如何认知颜色。不同的色彩空间是因为我们对他们的认知不同。

在上文中,我们看到HSV色彩空间缺乏视觉一致性。将色调滑块滑到60可以对一种颜色产生很小或很大的效果,这取决于滑块的初始位置。

考虑下面这个例子,你有一个饼图要用到两种颜色,橘黄和绿色。两种都选择了S=V=100% (饱和度=亮度=100%)。你现在需要将这两个颜色变得更亮些,你不能直接使用HSV因为无论橘黄还是绿色都已经是100%的亮度,这种情况下你如何增加亮度?

你不能直接通过HSV改变亮度是因为亮度(V)不和颜色被感知的亮度直接关联。所以不能通过改变饱和度或者亮度选择一种更亮的颜色。

这 种时候,我们需要一种色彩克空间,基于HSV的参数,但是基于视觉。换句话说,除了亮度,这种色彩空间需要定义颜色的实际亮度。幸运的是,这种色彩空间是 存在的,即LCH,它定义颜色的实际亮度(luminance),浓度(purity),和色调(hue)。不幸的是,设计和幻灯软件一般都不具有LCH 滑块,所以我们无法利用这种色彩空间的优势。

这就是为何要引入Brewer调色板 (Brewer palettes)。

Brewer调色板

Brewer调色板是选出来的基于视觉特征的色彩。这个色板是由Cynthia Brewer教授开发的。

Brewer调色板的类型

Brewer调色板有三种类型

1、定性的

2、连续的

3、发散的

brewer-swatches-subset.png

使用示例:

brewer-charts.png

brewer-circos.png

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