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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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「基因组可视化程序「Circos」vol.1—简介+安装  

2013-06-24 13:45:17|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://linxiao.name/archives/130

屏幕快照 2012-09-17 下午09.19.49.png

很 好奇几 乎所有基因组测序文章中都会出现的圈儿图是咋做出来,直到发现了Circos。而且不仅仅在生物科学领域,甚至在DHL的广告中都能看到这种华丽的圈儿 图,在这个数据爆炸的时代,除了分析能力,将数据可视化的技能也必不可少,想起来自己以前拿Keynote一点点的画基因组抗病基因的共线性图效率也太低 了,开学Circos。

Circos是基于Perl写的,而且所有输入数据都是纯文本,所以平台兼容性非常的棒,不过想玩起来还是需要一些基础知识。

预备技能:

①命令行操作

②Perl的模块安装&简单的正则表达式

③色彩的基本知识(这个可以边学边了解)

Circos的安装网上能查到很详细的中文教程,在这里再重复写一遍。

①去官网下载个最新版本的Circos http://circos.ca/software/download/circos/, 别忘了顺便下载示例文件 http://circos.ca/software/download/tutorials/ 以及教学文件 http://circos.ca/software/download/course/教学文件包含非常精彩的教学文档以及教学实例,实例文件包含各种各样的圈儿图以及配置文件以便学习。

②检查缺少的Perl模块,Circos是基于Perl写的,需要一堆Perl模块,打开Circos文件夹里的bin文件夹,运行test.modules就可以看自己缺少什么模块。

屏幕快照 2012-09-17 下午08.45.20.png

③安装Perl模块,Windows环境下貌似有软件可以直接安装?没在W下用过Perl,在Mac, Linux环境下都可以直接从CPAN上安装:

Perl -MCPAN -e shell

 

缺啥就安啥:eg:

cpan[1]> install GD

 

屏幕快照 2012-09-17 下午08.52.35.png

④运行Circos

perl Circos目录/bin/circos -conf 配置文件目录/circos.conf

屏幕快照 2012-09-17 下午09.01.24.png

用示例10-3里面的配置文件生成的圈儿图,png是用来预览的,svg是矢量图,可一用于打印:

circos.png

至于如何设置配置文件以做出自己的圈儿图嘛,待下回分解。

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