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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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Quake的安装方法  

2013-06-24 12:36:14|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多,如SOAP的correction、Quake等,目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法

安装

Quake在使用中需要一些额外的第三方软件的支持。

1.JELLYFISH的安装

01#下载
03#解压
04tar zxvf jellyfish-1.1.3.tar.gz
05#进入文件夹
06cd jellyfish-1.1.3
07##如果你是root用下面的方式安装
08./configure
09make
10make install
11##如果你是普通用户用下面的方式安装
12./configure --prefix=/my/dir
13make
14make install

如果你是root安装完后jellyfish可执行文件在bin这个目录里面

2.R

如果你的系统里面没有安装R的话,可以考虑一下方式简单安装

1#对于centos 与redhat
2yum install R
3#对于ubuntu
4apt-get install R

也可以直接从官方下载源文件安装,具体暗转该方法可参考其中的说明书

下载地址:http://www.r-project.org

3.R VGAM library

你的电脑中安装完R之后,运行R,输入一下命令来安装R

1install.packages("VGAM")

Quake的安装

01#下载quake
03#解压并进入文件夹
04tar zxvf quake-0.3.0.tar.gz && cd Quake/src
05#编译
06make
07# 进入上一级目录下的bin文件上
08cd ../bin
09#将第一步中安装的jellyfish 建一个软连接到bin目录
10#假如jellyfish的全路径为/share/jellyfish/bin/jellyfish,那么执行以下命令
11ln -s /share/jellyfish/bin/jellyfish jellyfish

到此Quake的安装基本完成

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