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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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解密群体进化研究的利器——群体基因组学  

2013-12-30 10:49:46|  分类: 遗传与基因组学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://novogene.cn/index.php?m=content&c=index&a=show&catid=83&id=151

群体进化

    获得各亚群的基因组信息,通过与参考基因组比对,得到大量的SNP、InDel、SV 等变异信息,讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响群体遗传平衡的因素以及物种形成的机制,从而对生物进化这一过程进行探讨和剖析。
 

分析路线

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诺禾优势

1,主流测序平台,均一可靠的数据质量;
2,丰富的项目工作经验;
3,个性化的生物信息学分析能力;
4,项目周期短,售后服务全面。
 

案例解析:

        解析黄瓜人工驯化和多样性遗传机制的基因组变异图谱(Nature Genetics,2013)
                                   
研究概述
        黄瓜(Cucumis sativus Linn.),基因组(2n=2X=14)大小为350M。本研究采集了115个黄瓜品系的样本(主要分为印度,西双版纳,东亚和欧亚四个亚群)并基于 Illumina HiSeq2000平台进行全基因组重测序。通过进化树的构建,主成分分析,群体结构分析等群体遗传分析,得出黄瓜类群的单系进化结论;利用连锁不平衡分 析和选择分析,定位了黄瓜的苦味基因Bt并发现B-胡萝卜素羟化酶的变异有助于黄瓜营养价值的提升;最后,将果实类栽培作物与谷物类作物的有效群体大小比 较,发现前者遭受的瓶颈效应更为强烈。
 

研究成果:
 
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参考文献

1.       Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R: The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics 2009, 25(16):2078-2079
2.       Li, R. et al. The complete genome sequence of the giant panda. Nature 463, 311–317 (2010).
3.       Prado-Martinez J, Sudmant PH, Kidd JM, Li H, Kelley JL, Lorente-Galdos B, Veeramah KR, Woerner AE, O'Connor TD, Santpere G et al: Great ape genetic diversity and population history. Nature 2013,100:1-5.
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