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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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介绍两个Motif分析软件:CisGenome && Galaxy  

2012-08-29 10:11:48|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://blog.sina.com.cn/s/blog_5d1edf6a0100v55c.html

最近毕设预测得到一批调控元件,想做其Motif分析。。
想到了CisGenome,但是CisGenome挖掘Motif又只接受Sequence输入
所以就顺便也介绍下Galaxy喽:)
如果你现在得到元件数据格式如下:
Chr 
      Start         End
chr1    100276118    100276403
chr1    101106565    101106850
chr1    101159289    101159574
chr1    101442245    101442530
chr1    101526611    101526896
chr1    101595570    101595855
chr1    101693374    101693659
chr1    101744747    101745032
chr1    102007721    102008006
chr1    10192856    10193141
若你想得到这些元件所对应具体的序列信息是什么,你可以使用Galaxy
地址:http://main.g2.bx.psu.edu/
用法呢很简单,简单介绍一下吧:
看左侧边工具tool栏
点击Get Data
导入你的元件 其它默认 值得一提的是注意选择你的基因组版本  例如我的是:Hg18
我们不是想提取序列信息么,那么我们下面就选择Fetch Sequences工具
然后进去你就知道怎么用了。。不在啰嗦。。
输出的结果通常以Fasta给出
下载结果的话点击右侧边栏History
你会看到你的结果详情  点击结果看下面有一个保存的小图标 保存即可~
有了Seq,下面我们就可以挖掘它的Motif了,简单说下:
-------CisGenome--
1.首先当然还是得导入你的数据喽,即我们刚通过Galaxy得到的Fasta文件。
  File--load data--seqence--你的文件路径
2.然后我们选择Motif--New Motif Discovery--Gibbs Motif Sampler
  如下:
介绍两个软件:CisGenome <wbr>&& <wbr>Galaxy <wbr>(原创)
3.弹出对话框,选择你要分析的序列文件及其输出路径文件
介绍两个软件:CisGenome <wbr>&& <wbr>Galaxy <wbr>(原创)
4.再选择 Advanced Option 高级选项,设置你的参数:
  输出Motif的个数、Motif的平均长度、Motif允许的最大长度
  其它默认  然后OK
介绍两个软件:CisGenome <wbr>&& <wbr>Galaxy <wbr>(原创)
5.然后会弹出一个cmd的黑框。。表示程序已经开始运行。。当运行结束后,输出结果
  如下,我们的Motif都在Mat里面,直接双击即可见。

介绍两个软件:CisGenome <wbr>&& <wbr>Galaxy <wbr>(原创)
提醒一下:在用CisGenome的时候很多同学说怎么点击OK了以后不运行呢
请注意一下,在使用前先配置好CisGenome
在这个CisGenome.ini文件里面配置
设置好你的CisGenome.exe所在的路径
例如我的:CisGenome=E:\xiaenhua\Pro\cisgenome_v2.0\cisgenome_v2.0(注:=之前和之后别有任何空格)
同时注意使用CisGenome的时候所有的路径名、文件夹名也别有任何空格
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