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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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[转载]一位直博生的发文章和博士阶段的科研与生活建议  

2012-07-05 14:56:55|  分类: 研究方法与进展 |  标签: |举报 |字号 订阅

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五年的博士学习终于结束了.doc
偶然在小木虫上看到了一个帖子:博士毕业了,也写一些发文章的心得吧。作为一个即将直博的学弟,感觉收获挺多的。关于这个文章还有很多地方有转载和下载:http://blog.sciencenet.cn/blog-372182-498865.htmlhttp://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=589065&do=blog&id=500374http://wenku.baidu.com/view/57d7226f561252d380eb6e41.html### 。其文如下:(与各位同仁共勉)



博士毕业了,也写一些发文章的心得吧

五年的博士学习终于结束了(本科直博),这期间欢乐,痛苦,无助,希望,兴奋交替其中,我想只有读博的朋友们能够体会。我的专业领域有点偏工程,相较材料或者理论研究等好发论文的方向比较难发。最后取得的成绩是五篇SCI,其中3篇是本领域公认的顶级期刊,2篇高水平期刊,2篇本领域顶级会议,3份专利。自己感觉也算对得起自己这几年的付出了。先前写过一个关于投稿会议论文的帖子,因此这篇中就不重复了。主要谈谈期刊论文的一些心得,希望能给还在读博到路上奋斗的朋友们一点启发。

1、关于投稿心态

首先说一下心态,这个我认为非常重要,为什么这么说?我曾接触过实验室若干师弟师妹,他们刚进入科研领域,往往比较气盛,自己觉得自己做的东西很不错,理论和实验结果能够吻合的不错。于是就匆忙投稿好的期刊,投稿之后的几天兴奋难眠,最容易产生幻觉,怎么看自己写的都觉得能中。结果若干周以后来了reviewer的建议,拒掉了,而且被批的很惨,于是彻底气馁,没有了前进的动力。这就是心态的问题。我想无论是哪个方向,大家都应该明白一个事实:这个世界上别人没发现而只有你发现的东西,或者只有你提出的idea非常非常少,或者说绝对点:对于普通的我们来说几乎没有。因此要理性看待自己做出的成果,在文章中不要总强调自己做得多么多么好,要谦虚谨慎一点。正所谓文人相轻,同行看同行的成果总会挑剔。reviewer的心态也会差不多,比如我评审其他人做的相同的东西,我也会用批判的眼光,因为我也是做这个的,非常熟悉,遇到的难点都一样,所以会直接看这几个困难的部分。如果发现也没解决,就会觉得做得一般,拒掉的可能就大。反之,如果发现有一个或者几个点有点新,哪怕不能全部解决,但也给出了有益的方向,就会高兴,进而给出修改意见或者直接接收。所以在投稿之前问一下自己:你所做的方向内的研究论文及专利你都看过吗?就算没有全部,比较经典的几篇你看了吗?你做得怎么样?这非常重要。

要明白众口难调

这点更重要,林子大了,什么鸟都飞,每个reviewer的口味都不一样,有人欣赏你做的,有人就看不上,如果你做的东西又正好和reviewer的一样,那就更有风险。所以要锤炼自己的抗击打能力。以我的经历为例,有一篇文章:特别巧最后编辑给了四个审稿人的意见,一个同意直接接收,2个minor revision,最后一个拒掉。当时简直不能接受,导师开导我说要心态平和,仔细修改,接收肯定没问题。所以要坚信自己,别人可以拒掉你,否定你,但是我们一定要对自己有信心。

要厚脸皮一些

即使你的文章被拒掉,也不要轻易放弃。reviewer要拒掉你,一定要提出详细的理由,否则编辑都不会答应。而这些理由就是你修改的根据。一般说来,你按照拒掉的意见大修之后再投稿的话,仍旧会送到原来的reviewer手里。让他再审,这样,接收的几率会更大。所以不能把自己被拒掉的稿子束之高阁,要厚脸皮一些,仔细修改,reviewer让你怎么改,你就怎么改。他不喜欢这个图就去掉,他认为多余就删掉。一个师弟问我:reviewer让他把一个图删掉,他不想,因为画得很漂亮。我直接问他:你要论文发表还是要图?这个时候不是看你个性的时候。一个教授曾经告诉我,一切的一切都归结为:make them reviewerhappy

要突出比较

一位大教授,也是一个顶级期刊的主编曾经说过:发表论文的实质是比较,比较你的东西和别人的东西,在比较中才能进步。很多学生刚开始写论文就直接写怎么做,如何做,实验结果。这写出的东西不是research paper,而是technical report。绝对被拒掉。所以好的论文的introduction部分一定写的精彩。试想一个对该领域不熟悉,都不知道其余人做得如何的人能写出好的高水平文章?没有高质量的输入不会有高质量的输出。大家也应该有感,看自己领域顶级期刊文章,开始都会将某一领域的现状做一总结,告诉读者别人做得如何,有何问题或者不足,进而引出自己的东西。我们管这个叫讲故事。故事好,就会吸引人,讲砸了,后边就会受影响。这里在补充一点,讲故事的时候,尽量避免说别人不好,就算有,也要婉转提出。否则碰巧遇到你说缺点的reviewer,你觉得人家会高兴吗?

重视引用

前面说过,introduction部分对于其他人工作的引用和对比很重要,这些都会在reference中体现出来。尤其是投那些高水平期刊,审稿人几乎都是该领域的牛人,审文章先看abstract,弄清写的方向后立刻看reference,因为看看你的引用基本就知道水平了。很难想像一篇学术论文的参考文献中少了几个权威的文章。所以要重视。当然引用也是有技巧的。不能什么都引。具体大家可以自己揣摩。

图片问题

图片务必做好,酷的图片会让人眼睛一亮。尽量用矢量图片。经常有人问我,图片需要多清楚才好。我给出的意见是,你把图片转成pdf格式后,放大到最大,如果仍然清晰就是最好。只有矢量图片能不失真。在其他软件中绘制的图片尽量导成emf或者wmf格式后再放入word,这样图片绝对不会失真。绘制曲线一般用matlab或者origin,根据自己的喜好。我个人倾向matlab,因为用程序可以把图片的的样式固定,直接读取数据直接绘制就行了。origin可能还得用鼠标点半天。

某些词汇禁用

英文和中文的区别是很大的。某些我们在中文中觉得没问题的词汇换到英文就有问题。比如以下词汇尽量少用或者不用: obviously, certainly, undoubtedly, probably 等。这些词汇会让文章的可信度降低。不要让审稿人总是在"大概也许可能"中来欣赏你的作品。此外在评价我们自己的结果时,novelfirstmost等词汇尽量少用。太多这样的词汇无疑会增加别人的反感。

再说图片

看到回复中有人询问绘图的问题,这里简单说一下。在matlab中无论画什么图,都会出现一个figure窗口,在菜单中的edit中选择copy figure选项,然后直接复制到word中,这样得到的图片一定是最清晰的。我自己在投稿时,所有的图片都转换成eps格式,这样不但清晰而且非常利于编辑的最后排版。不建议使用bmp或者jpg图片,效果很差。对于理工科论文来说,一般就是matlab或者originexcel多用于实验原始数据处理,不建议直接用。有人经常在excel中绘图后直接拷贝到word,这是很有风险的。本人曾经审过某篇文章,作者在word中给出了一个excel表来说明线性度,孰不知在word里可以直接打开excel表格查看原始数据。我打开后,仔细观察0点附近数据,发现曲线带拐弯的,与文中给出的线性度不符,于是我对文章的印象顿时变得很差,其余的结果难道会没问题?所以大家务必要对图片格外小心。btw,强烈反对截图做法。产生的图片质量太差

图片的精美程度可以决定一个文章的质量,国外的group甚至请专业的美工来处理图片,把一些仪器仪表画得美轮美奂,给人印象深刻。不要以为这是表面功夫,图片是表达文章内容最有力的工具。审稿人,如果是专家级别的话,审稿的顺序一般是:title,作者,单位,abstract,图片,introduction,图片,reference,正文(如有必要)。可以看到图片的重要性,就算看正文也是围绕着几个图片看。因此图片就是门面,就是内容,就是你能不能拿到入场券的砝码。

公式

公式一般就是用mathtype。根据期刊要求设置好style。这里说一下什么公式需要写,什么不需要写。大家要明白审你稿子的一般会从你的参考文献中找,所以审稿人不是初学者,不需要大家从最简单的公式来科普。除非是必须说明的公式,否则大家都知道的就不写,可以引用。公式最容易犯的错误就是前后不一致,符号不一样,尽量避免。

10. 关于给reviewer的回复

这一点在发表论文过程中非常重要,就像打太极,几个round下来,是个斗智斗勇的过程。首先要说明的是,一定要礼貌。尽管有的审稿人措辞强烈,甚至完全否定你的工作。这也不怕,处于下风往往有反攻的机会。如果你也措辞强烈的回复审稿人,只能说自取灭忙。所谓的礼貌,就是要求务必对审稿人的每个问题都做阐述,要认真真诚,不怕没弄清楚,就怕勉强回答,故作高深,这非常不可取。审稿人的问题可以非常好多类,有怀疑型,有请教型,有讨论型,有赐教型,有建议型等。要根据每种语气来回答,这里面内容也多,不详细说了。大家根据自己的情况好好揣摩。

其次,大家头脑中一定要有一个清晰的概念,你和审稿人之间的来来往往,不仅仅是你们两个人的事情!幕后有一双眼睛一直在注视你们,就是editor。他是一个裁判,紧紧地盯着你们两个的交流。他有自己的判断。即便是到最后审稿人还是不接受你的回复,editor仍然能决定是否录用你。也就是说,就算审稿人不想接收,但是如果editor想接收,那么肯定是能接收的。于是有人会问,怎么能让editor站在我们这一边?那就是用真诚博得编辑的好感。在写回复的时候头脑中一定要时刻铭记,你的回复是给2个人看得,一个是reviewer,一个是editor你回复的语气和态度editor都看在眼里,是否用心,是否真诚,这些都被editor注视。因为并不是每个审稿人都公正,因为必然会涉及到羡慕嫉妒恨,或者圈子人际关系的问题,碰巧送到对手手里也是经常能发生的,因此editor就负责来做最后的仲裁。举一个切身的例子,我投某一个顶级期刊,给了两个审稿人的意见,一个审稿人的意见非常中肯,能看出来他希望你的文章能接收,于是有很多问题,让你回复。另一个审稿人上来就否定,只言片语,没有具体意见。因此可以初步判定他们的态度。对这两个做仔细认真的回复后,发给编辑。第一轮后,第一个审稿人非常满意,同意接收。第二个不满意,提出一些问题,但是问题有点超出文章范围,于是又修改回复。这一轮后,还不满意,还是用问题来刁难。基本看出是不想接收。不过我仍然很认真的回复,每次回复达到20页左右。把我们的观点和想法回复,并希望讨论。这次回复后,经过一个月后,状态变为report received,也就是说编辑收到了这个评审的意见,但是过了几天我都没有收到修改的通知以及结果如何。我此时很纳闷怎么会这样?按照惯例,编辑收到意见后回在第一时间给作者邮件的。此时再看状态,变为:Manuscript for Board level decision。就是说提交编委会仲裁。这可能说明编辑在作选择,审稿人可能又不同意接收,但是经过他的观察觉得我几轮的回复比较好。最后接收了。这中间的过程可能很复杂,涉及到心理层面的一些对抗,也不好说最后的情况如何,但是可以肯定,你在过程中的表现,编辑肯定会有一个评价。所以一定要有礼貌,有礼貌,真诚,真诚,回答问题切中要害,不要兜圈子。请大家记住。

11. 要勇于指出审稿人的错误

前面说过,要礼貌的回复审稿人。但并不是说要一味的迁就审稿人,正所谓柿子挑软的捏。如果表现的太懦弱,审稿人就会登鼻上脸,呵呵。比如,有的审稿人的评语和意见明显是错误的。这是因为大家对一个问题的认识程度不一样。出错也是可以理解的。遇到这样的情况,还是应当礼貌的指出错误所在,然后给出自己的理解。这样的好处是,审稿人会觉得你也是个专家,就不敢随便胡说出丑了。否则就会让人大跌眼镜,因为editor还在后面看着呢。

12. 关于博士阶段的科研与生活

关于这个问题,有很多网友已经写出了很好的心得。大家可以在论坛上找到。我这里想从其他几个方面来说一下我读博5年的感受,供大家参考,以问题的方式提出,大家问一下自己是否做到,或者正在做,或者即将做。我想读博绝不是像本科一样随便过来就行,它是个特殊的时期,一来年龄大了,二来大部分人没钱没房没车,三是科研的道路很艰辛,不容易。不要在读博阶段把自己读傻了,很多人根本不知道自己为什么选择读博,好像高中-本科-硕士-博士的路子很正常。惯性下来,浑浑噩噩,博士就算毕业了,工作也找的不好,还没有硕士找的好。

1)我的人生路向哪走?要树立无论读什么,学士,硕士,博士,壮士..., 最终的目的都是工作就业。我们生活在这个世界上,要成家立业,即是指工作。大家一定不要产生幻觉,发了几篇牛的文章,就觉得自己自己如何如何。进入社会后你会发现你的这些文章未必会受到特别大的重视,看中的永远是你的能力。读博阶段要明白就业是最后的出路,如今博士太多,身价不如以往,很多博士很水,甚至不如一些硕士,所以还需看清楚社会需要什么样的人。自己适合一辈子在象牙塔中吗?不是所有的人都适合做科研,如果自己不适合,就赶快离开学术这个圈子,外边的世界很开阔,尽快寻找属于你的地方。进高校并不那么美好,看很多青椒的待遇就知道了,不要听信什么只要拉到项目就行了,要知道没有人脉的你,刚开始并不会一帆风顺。很可能在你45岁之前,你都一直在高校过清贫的日子。当然每个人追求不一样,无所谓对错。

2)读博阶段,你真的刻苦过吗?真的为了一个数据做了通宵。别人光辉的背后可能隐藏有他们的巨大努力,所以不要觉得周围某某博士没做什么就发了很多文章。要知道上天还是公平的,有付出就有回报。自己永远知道自己付出几成努力。

3)读博阶段,是否读过100篇文章?尽管学科不同,但是可以肯定一个合格博士毕业必须要经过大量文献阅读的过程,而且外文文献必须占很大一部分。对于理工科博士,甚至不用看国内的文章(不是贬低中文文章,读得多了,回头看中文文章就知道档次了)。对于文科博士来说,也应该多读外文的,要知道汉学研究最好的不是中国。经济学,管理学就更不用说了。SCIEI这一大套毕竟是美国人搞的一套,有他们的价值观,所以要去看,看看为什么国外能做这么好?100篇当然不用全部精读,但是至少有几十篇应该精读,前面说过,有高质量的输入才会有高质量的输出。读的多了,认识就深刻了,就知道论文怎么写了。有人总问论文到底怎么写?其实不用问,就去看高水平的文章,看得多了,就知道套路了,就知道措辞了,就知道思路了。

(4) 读博阶段是否交过几个真心的朋友?在科研学习的过程中,我们都会彷徨,无助甚至绝望。这个时候最需要的就是周围朋友的鼓励。不要总是单打独斗,要和周围的博士生们经常聊天,讨论,彼此之间的争论也能成为火花。也许毕业后若干年,当你回想起这段岁月时,仍能够依稀记得那些与你共同奋斗在博士道路的战友们。

(5) 读博阶段是否考虑过自己的感情问题?相对于社会来说,学校里还是很纯净的,大家也很单纯。如果能在自己读研的过程中,找到彼此欣赏的伴侣共同走下去,将会是你一生的财富。此时,你我并不富有,但是能相伴青春岁月,证明彼此并不是看中物质需求。所以读博期间,大胆一些,去追求自己心中的一份感情。

(6)读博阶段是否与导师以及若干老师成为良师益友?这点确实不大容易,因为不取决于我们自己。取决于老师们对学生的态度。但是与老师们关系融洽无疑会对日后的成长道路大有裨益。

(7) 读博阶段是否与父母联系变少? 无论我们干什么,都应该牵挂父母,他们已不在年轻。奔三的博士们此时并没有工作养家,而父母们还能一如既往的支持我们的梦想,这就是父母。做完实验的晚上,无论做得好坏,看看星空,拿起电话给父母拨一个电话,听听那熟悉亲切的声音。心中定会其乐融融,充满温暖,会更加坚定的走下去。

(8) 读博阶段是否太专注于自己的领域而忽略了很多其他的东西?专注本职是绝对没错的,但是不能仅看中终点线,沿途的风景或许会改变一生。

 

 

尾声:洋洋洒洒写下这些话,可能已经跑题了。但是我想这些感受或许可以给后来人一些启迪。看了大家的回复,都很鼓励我,谢谢大家关注。当然也有人不赞同我说的,就像上面第二点说的众口难调。只要多数人能从我的文章里得到一些有益的帮助,我就十分欣慰了。最后想对仍然奋斗在读博道路上的战友们说一句:无论你是否能毕业,是否能拿到博士学位,是否能年薪几十万乃至更多,在你的周围永远有你慈祥的父母,温柔的爱人,亲密的朋友们做后盾。这些是你一生的财富!要倍加珍惜。要相信自己,无论别人如何否定你,如何不赞同你,用自己的毅力和坚强去走好你的每一步。祝所有博士们和准博士们和即将步入博士阶段的朋友们身体健康,学习进步,梦有所成!(全文完)






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