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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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openmpi的安装步骤  

2012-06-20 23:12:21|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://www.linuxdiyf.com/bbs/thread-68473-1-1.html

http://blog.csdn.net/fp2001/article/details/6074389


openmpi的安装步骤参考www.openmpi.org的faq就能搞定了。稍记一下供以后参考:

1)从www.openmpi.org下载压缩包openmpi-1.2.4-tar.bz2,放到/tmp下, 解压缩tar jxf

2) cd openmpi-1.2.4, ./configure --prefix=/usr/local/openmpi, make -j 8 all install

3) cd; vi .bashrc, 增加到最后一行 export LD_LIBRARY_TYPE=/usr/local/openmpi/lib,vi .profile,

       PATH=/usr/local/openmpi/bin:"${PATH}"

到这里,开一个终端,cd /tmp/openmpi-1.2.4/examples; make。

下面为了用几个节点或者在一个节点上算题,再对ssh作一下工作。

1) sudo apt-get install openssh

2) cd; ssh-keygen -t rsa, 也可以是 ssh-keygen -t dsa 碰见提示就回车和yes.

3) cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys, 完成无密码登录授权

最后,测试一下mpirun -np 2 /tmp/openmpi-1.2.4/examples/hello_f90, 没有出问题应该结果是:

Hello, world, I am 1 of 2 Hello, world, I am 0 of 2

如果有问题,如./hello_f90: error while loading shared libraries:libmpi_f90.so.0: cannot open shared object file: No such file ordirectory 则要检查一下是否$LD_LIBRARY_PATH是空的,执行exportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib以后就行了。或者不嫌麻烦的话,mpirun --prefix/usr/local/openmpi -np 2 /tmp/openmpi-1.2.4/examples/hello_f90也能执行。


open mpi安装

1.安装Open MPI

 

由于,Planet-Lab源上有,所以直接yum就好了。如果没有可以手动下载源代码编译,不过要手动解决一来问题。。。

 

[cpp:nogutter] view plaincopy
  1. sudo yum install openmpi  

 

2.MPI程序的运行

 

如果是在单一节点上:

  1. mpirun -np n exe  

n 是进程个数,exe是执行文件的名字。

如果是多个节点:

[c-sharp] view plaincopy
  1. mpirun -hostfile hostfile -np n exe  

hostfile 是参与计算的节点列表。其格式如下:

ip1

ip2

ip3

上面的命令,则本地节点也会参与运算,不推荐这样(本地节点复制调度最好),可以采用如下方法:

mpirun -nolocal -hostfile hostfile -np n exe

则可以让本地节点不参与计算


openmpi安装
1) 下载openmpi
2) tar -xzvf openmpi-1.4.3.tar.gz
3) cd openmpi-1.4.3
4) ./configure --prefix=/usr/local/openmpi | tee ../install.log
5) make -j 8 all | tee ../make.log
6) make install | tee ../install2.log

 

配置环境
7) vi /etc/ld.so.conf  最后增加一行
/usr/local/openmpi/lib
保存退出
8) /sbin/ldconfig   回车等待。
9) vi /etc/profile, 最后 增加一行:
PATH=${PATH}:/usr/local/openmpi/bin
保存退出

10)执行
. /etc/profile

测试
10)cd examples
11) make

12) mpirun  -np 4 ./hello_f90              可以得到类似ppt中的输出

 mpi多机时, 需要有machines文件。文件内容如下:

tp1 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp2 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi
tp3 1 /home/pact/mpich/examples/basic/cpi

分别表示机器名/ip,  进程个数, 进程名(进程名可以没有); 当使用机器名时, 则需要架设DNS服务器
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