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专业背景：计算机科学研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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物种不同群体间的遗传多样性分析

2012-05-13 11:26:08| 分类：遗传与基因组学 | 标签： |举报 |字号大中小订阅

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1. 聚类树的生成
（1）NTSYS-PC:使用分子生物学分析软件NTSYS－pc（Numerical Taxonomy System）Version 2.02a 版本Similarity程序的Dis/Similarity for qualitative data功能计算Dice相似系数（SC＝2a/（2a+b+c）,其中a为两个样本的共有带，b、c分别为两个样本独自出现的条带），生成相似系数矩阵，使用Clustering程序SAHN功能的UPGMAM（Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean，简称UPGMAM法）算法生成聚类树数据，用Graphics程序的Tree Plot生成聚类树状图（Rohlf，2002）。
（2）PHLIP：采用PHYLIP（Phylogeny Inference Package）Version 3.5c 软件包的PENNY的Camin－Sokal的多态性简约算法生成100个聚类树状图，用PHYLIP的CONSENSE程序按照多数规则法（Majority－rule）得到一个最“逼真”的聚类树（Felsenstein，1993）。使用TREEVIEW（Win 32）Version 1.61（Roderic，2000）程序浏览并生成无根聚类树状图。
2. 群体遗传参数的计算
（1）在SSR数据处理中，通常采用 PIC（polymorphism information content，简称PIC值）来表示信息含量，称为多态的百分数或多态信息含量，可用来描述种群内个体间的遗传多样性。一种分子标记的SSR位点的信息含量与一个居群中现存等位基因的数目和频率成比例，与串联重复单位的数目相关。不完全重复的PIC比预期的要低，最高的预期值是那些最长的中间没有被替换的重复序列。
（2）应用PopGene Version 1.32 (32-bit) 软件在假定种群处于Hardy-Weinberg平衡状态下对居群进行遗传学参数分析，分别计算Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon信息指数（I）、群体总基因多样性（Ht）、群体内基因多样性（Hs）和群体间的遗传分化系数（Gst）。
（3）采用Arlequin 2.0软件对居群间和居群内的遗传变异进行分子变异分析（AMOVA）。
根据计算出的参数，分析研究对象的群体遗传变异规律。

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