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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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EST-SSR标记开发  

2012-05-13 10:09:06|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR),EST序列或是基因组序列都可以。另外,还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具,通过这个工具,可以把MISA识别出来的SSR,转为Primer3需要的格式,从而方便批量设计引物。

ssr

 

网址:http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/

下面分别介绍一下几个工具(.pl是perl文件的后缀名):

1. CD_HIT_EST 对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列


2.est_trimmer.pl
这是对EST序列而言的,可以去除EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。
用法(例子):perl est_trimmer.pl ESTs -amb=2,50 -tr5=T,5,50 -tr3=A,5,50 -cut=100,10000

3.misa.pl
用法:perl misa.pl <FastaFile> (注:<>要去掉。下同)
FastaFile是放序列的一个文件名,全路径,注意不要有中文名或空格。Fasta格式。
另外配套一起的还有一个文件misa.ini,这是一个配置文件,设置识别SSR标记的标准。
4.Primer3 的接口工具
p3_in.pl - 创建 Primer3的输入文件。
用法:perl p3_in.pl <FASTAfile.misa>
p3_out.pl - 解析Primer3设计引物后的输出文件。
用法:p3_out.pl <FASTAfile.p3out> <FASTAfile.misa>

注:FASTAfile.misa文件是MISA的输出文件
        FASTAfile.p3out是primer3的输出文件

6.利用MacVector7.0软件对所设计的引物进行验证
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