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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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【转】用R高清绘图:分辨率600DPI-1200DPI  

2011-10-14 20:52:14|  分类: R&Bioconductor |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/grDevices/html/dev2bitmap.html

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=255662&do=blog&id=389860

 

http://www.biostatistic.net/thread-5954-1-1.html

 

用R高清绘图600DPI-1200DPI


绘图是R的重要功能之一,很多学术期刊在投稿时推荐用eps等矢量图形。但是也有些期刊希望作者能提供一定分辨率的栅格图。TIFF和 JPG以及GIF是最常见的栅格图的种类。栅格图的分辨率常用dpi表示,dpi表示每英寸拥有的像素数量,R保存的图片,默认为72dpi,这样的图形很小。但是要生成高清的图形,一般要在600甚至更高。如何用R生成类似的高清图形?


本文以Windows XP为例,在其他操作系统的操作与之类似,或更为简单。


绘制高分辨率的图形,在R中要用到bitmap函数,bitmap通过调用ghostscript软件绘图。所以先需要安装Ghostscript软件。


下载地址为
http://pages.cs.wisc.edu/~ghost/
安装默认路径为 C:\Program Files\gs  ,之后,需要为该软件设置启动路径,保证在console中可以调用。
需要做如下设置:
在 我的电脑>属性>高级>环境变量>系统变量>path>编辑,在变量值一项的最后面,加上  “C:\Program Files\gs\gs8.71\bin;”(注意,随着Ghostscript的版本不同, bin子目录所在的文件夹名称不同,注意根据版本调整。核心问题是找到 gswin32c.exe 所在的bin文件夹,并将这个文件夹设置为启动路经。)

图 1 设定Ghostscript的启动路径


为了测验安装是否成功,可以在 开始>运行>输入"cmd"
然后输入 gswin32c

如果提示成功进入了该软件,那么表明配置成功。


下面就可以尝试用R绘制高清图了。
举例,编写如下R代码。
bitmap(file = "test1.jpeg", type = "jpeg", res = 1200)
plot(1:22, pch = 1:22, cex = 1:3, col = 1:5)
dev.off()
getwd()
则在最后一行显示的位置生成了名为 test1.jpeg的高清文件。更多的设置详见 bitmap的帮助文件。

另外,类型(type)可以设置为:

可用的装置是   bbox bit bitcmyk bitrgb bj10e bj200 bjc600 bjc800 bmp16 bmp16m bmp256
   bmp32b bmpgray bmpmono bmpsep1 bmpsep8 cdeskjet cdj550 cdjcolor cdjmono
   cups declj250 deskjet devicen display djet500 djet500c eps9high eps9mid
   epson epsonc epswrite ibmpro ijs jetp3852 jpeg jpegcmyk jpeggray laserjet
   lbp8 lj250 ljet2p ljet3 ljet3d ljet4 ljet4d ljetplus m8510 mswindll
   mswinpr2 necp6 nullpage pamcmyk32 pamcmyk4 pbm pbmraw pcx16 pcx24b pcx256
   pcxcmyk pcxgray pcxmono pdfwrite pgm pgmraw pgnm pgnmraw pj pjxl pjxl300
   pkmraw plan planc plang plank planm plib plibc plibg plibk plibm png16
   png16m png256 pngalpha pnggray pngmono pngmonod pnm pnmraw ppm ppmraw
   ps2write psdcmyk psdrgb psmono pswrite pxlcolor pxlmono r4081 spotcmyk
   st800 stcolor svg t4693d2 t4693d4 t4693d8 tek4696 tiff12nc tiff24nc
   tiff32nc tiff48nc tiff64nc tiffcrle tiffg3 tiffg32d tiffg4 tiffgray
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