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云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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【转载】测序数据分析之工具大全  

2011-10-12 11:50:36|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

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Alignment与mapping:

BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml

MUGSY:
http://mugsy.sourceforge.net

MUMmer: http://mummer.sourceforge.net

GMAP: A Genomic Mapping and Alignment Program for mRNA and EST Sequences, and
GSNAP: Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program

http://research-pub.gene.com/gmap/

Assembly:

SOAPdenovo:
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0

Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-

TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller

Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet

VISTA tools,包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml

ABI数据分析软件:http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html

Illumina的软件:http://www.illumina.com/software.ilmn

ION PGM测序仪的社区:http://www.iontorrent.com/forum/


另外附上一些精选的数据分析工具:

名称 链接 评论
基因组重测序

Bwa http://bio-bwa.sourceforge.net 比对工具
Dindel http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel 小的插入/缺失发现
Erds http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm 拷贝数变异发现
Pindel http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/ 小的插入/缺失发现
Samtools http://samtools.sourceforge.net 操控比对后数据的工具
Sequence Variant Analyzer http://www.svaproject.org 在基因组背景下显示变异
Chip-Seq

Findpeaks http://vancouvershortr.sourceforge.net
RNA-Seq

Cufflinks http://cufflinks.cbcb.umd.edu 测定转录本丰度
Tophat http://tophat.cbcb.umd.edu 剪接点定位
De Novo 拼接

Oases http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/ 根据转录组数据拼接
基因组浏览器

Integrated Genome Browser http://www.bioviz.org/igb/
Integrative Genomics Viewer http://www.broadinstitute.org/software/igv/
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