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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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启动子CpG岛(CpG island)单个与批量查找  

2011-09-28 14:20:28|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100xdls.html

 

第一部分:单个查找。这个网上有描述

http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/ (图1)和http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks

(图2)

 

图1

启动子CpG岛(CpG island)单个与批量查找 - 云之南 - 云之南
图2

启动子CpG岛(CpG island)单个与批量查找 - 云之南 - 云之南

 

 

具体看连接:http://ggene.cn/html/protocol/bioinformatics/2009/1121/3908.html

第一部分:批量查找。

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

如下图3所示

图3

启动子CpG岛(CpG island)单个与批量查找 - 云之南 - 云之南
 

 

table选择:cpgislandext

regions选择defined regions

 

Region definitions are ordinary 3- or 4-field bed file format. For example:

# comment lines can be included starting with the # symbol chrX 151073054 151173000 chrX 151183000 151190000 optionalRegionName chrX 151283000 151290000 chrX 151383000 151390000  

file type returned:  plain text 

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