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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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RAD-Seq: new generation population genetic  

2011-09-13 22:14:30|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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RAD marker can be obtained by RAD-Seq. Likes as SSR or AFLP, RAD marker can be very useful in genetic mapping. RAD marker can be discoveried  by NGS. So it will cost very low and save time.
 

Miller等(Genome Research,2007)应用RAD markers在果蝇作图群体中将一个重组位点快速定位在150kb范围区域。

Rapid and cost-effective (果蝇和三刺鱼).pdf

Baird等(PLoS one, 2008)通过三刺鱼(96F2子代加亲本)选用SbfI酶分别对双亲和子代进行RAD-Seq,总计获得13,000 SNPs,并且定位得到两个重要性状。

Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers.pdf

With next generation sequencing development,RAD-Seq became very useful in population genetics.
 

Hohenlohe等(2010)应用RAD技术对三刺鱼(Gasterosteus aculeatus)的自然群体(2个海洋和3个淡水群体的100个个体)间核苷酸的差异和区别进行了基因组范围的扫描, 每个个体获得45,000多个SNPs,并在群体基因组水平上扫描确认了先前鉴定出来的适应性重要的基因组区域,表明自然群体中这些区域的特殊进化和群体组成历史,并鉴定出新的基因组区域和重要进化候选基因。

Population Genomics of Parallel Adaptation in Threespine Stickleback using Sequenced RAD Tags(三刺鱼 群体进化 PLoS genetics).pdf

 

Emerson等(2010)应用RAD技术所得SNPs获得21个瓶草蚊(Wyeomyia smithii)的系统发生树,揭示了起源于22000年到19000年前劳伦冰盖衰退期间的阿巴拉契亚山脉南部的瓶草蚊先前未确定的遗传结构和进化演变方向。

Resolving postglacial phylogeography using high-throughput sequencing(蚊子PNAS).pdf

Baxter等(PLoS one,2011)通过对小菜蛾的24个个体(22个回交1代群体,2个亲本)进行RAD-Seq测序将小菜蛾多杀菌耐药性定位到W/Z性染色体上,并利用2,878RAD alleles构建连锁图谱,获得31个连锁群。

Linkage Mapping and Comparative Genomics Using Next-Generation RAD Sequencing of a Non-Model Organism(小菜蛾).pdf

Pfender等(Theor Appl Genet, 2011)对黑麦草的193F1群体进行RAD测序,并结合SSRSTS分子标记,利用双假测交原理进行连锁分析,检测到三个黑麦草抗杆锈病QTL

Chutimanitsakun等(BMC genomics, 2011)利用RAD-Seq技术对93株大麦DH作图群体进行研究,获得530SNP markers,应用其中的445SNP,结合之前的marker构建连锁图谱,QTL定位。

eggplant  RAD
BMC

Identification of SNP and SSR markers in eggplant using RAD tag

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