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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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RPKM,FPKM 计算  

2011-12-06 10:29:09|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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Your calculation seems to be correct.

About the second question. You need to define the "trascriptional units". if your aim is to establish a "gene level" expression your trascriptional unit should be the full gene exons set. If you are interested in "isoforms level expression" you should calculate rpkm for each isoform.

here you can find some examples:

http://woldlab.caltech.edu/rnaseq/


http://sandberg.cmb.ki.se/media/data/rnaseq/instructions-rpkmforgenes.html


http://cufflinks.cbcb.umd.edu
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