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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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转:Bioinformatics期刊Application Note投稿经验交流  

2011-11-28 12:59:28|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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转:Bioinformatics期刊Application Note投稿经验交流

Bioinformatics应该是生物信息学领域比较体面的一个杂志了, IF在5-7之间。这个杂志除了发regular的文章外,还接受两类短文:1)Discovery Note和2)Application Note,有点类似某些期刊的report之类。前者注重基于计算方法的生物学问题发现,后者注重工具软件方法的开发。这个杂志审稿比较快,我总共投了4 个稿子,一审时间不超过1个月,其中一个被拒的稿子只用了不到三周。另外这个杂志在限制页面内不收钱,实际上它在2004年前完全不收钱,也没有页面限制。
2008年,我发现了一个基因预测的简单方法,有点类似在该杂志2005年发表的一个Application Note。那个时候老板不太倾向于我搞算法,所以打算以Note的形式发出去。是在5月份投的稿,直到9月份才接受,前后经过了3次major revision。今年2月12号又投了一个Note,主要是将去年的那个方法稍作修改应用到新的领域,1个月后major revision,用了1周的时间改了再投出去,半个月后accept, subject to minor revision。比较两次投稿的经历,有一些体会,无妨写在下面,权作大家的参考。
1:当你在啃一块硬骨头的时候---该领域内已经存在不少方法。
新 的方法要充分强调自己的卖点,而且要在文章里强调,不要放在additional file中。我们的方法2005年别人发表的Note相比,就是消除了算法的初值依赖性。前2次revision时,我则谦虚地、羞羞答答地、隐晦地写在文章中。最后一次审稿时,一个审稿人说我们的方法不比2005年那个Note高明多少,甚至有点类似。这个时候我才意识到问题的严重性。如果直接和 argue方法之间的区别,可能很麻烦,也说清。这个时候我就将初值依赖性单独拿出来说,将模拟数据直接摆到桌面上,写进文章。我的老板是这样回信给编辑的,你看2005那个方法有严重的初值依赖性,我们的没有,本质就在于我们的方法是用了完全不同的原理。具体是什么原理,老板没有解释。其实也没有必要解释,Note很难包含像article要求的那样全的信息。另外,reviewer要求计算的东西,在不伤筋动骨的条件下,即使是没有道理的,能算的就算上。审稿的原则是“reviewer 大”。这个上面前2次major revision,我就是坚持和reviwer argue为什么没有必要算那个量,让费了很多时间。但是这个过程的学习也没有白费。这个看起来没有用的量在后一个Note中却是紫关重要。
2:作吃第一个螃蟹的人---尝试一下换汤不换药
最近微生物研究有一个比较火的领域,叫做metagenome(宏基因组)。情况有点类似本世纪初的基因组测序。原来应用到单基因组的很多算法很难直接饮用到宏基因组上。由于在基因预测领域有一些积累,特别是去年的那个note的工作。我能则考虑将已有的算法作一些综合,特别地,首先将宏基因组"分解"到单基因组,然后用上那个note的方法。就这么简单的综合就能很大程度的提高现有宏基因组算法的相关精度,文章现在在minor revision。我想原因很简单,以前没有人在宏基因组上考虑我们关注的问题,我们实际上做了第一个吃螃蟹的,虽然手段看起来并不高明。但是谁知道呢,简洁就是美。这个Note的写作很得心应手,甚至老板基本没有怎么管。
虽然不知道战友对Note的看法如何,也不知道这类文章对以后发展有多大帮助,但是至少可以使你的简历的publication list长一些,看起来很体面,呵呵。就写这么多吧。各位看官,补充一些丰富一下DXY的资源吧。minor revision ,15分钟后编辑就回信了,收了
真是佩服Bioinformatics的速度呀
一直对他们家的办事效率很满意,貌似周末也不休息?3次major revision?太恐怖了吧?有几个审稿人啊?3 个审稿人,第一次major revision其中2个没有意见了,另外一个坚持要我们算一个我们认为没有意义的量,我们argue回去了(第二次major),没有改文章,后来估计这个reviewer火了,再给comment时强调那个量的意义,而且直接说我们的方法和2005年那个note类似,没有新意,放在编辑手上1周,然后给major revision,然后老板说“reviewer 大”,我们就算了那个量,再在信里强调一下我们的新意,没怎么改文章,直接发了过去,半个小时后,收了。
这次投的Note还是同一个编辑,比上一次顺畅多了顶!!
最近关注discovery note 中!搞生物数据库的很容易在Bioinformatics上发文章,而真正搞生物信息学理论的极难从Bioinformatics上学不到什么东西。好像Journal of Computational Biology,还有Journal of Theoratical Biology都偏理论,感觉是这样。JCB看的不多,等我去看看。
做理论的也可以参考Bioinformatics。偏重算法。

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