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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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国内外-系统生物学与生物信息学 大牛人物【慢慢补充】  

2011-01-14 15:51:20|  分类: 计算系统生物学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://fancymindchaos.com/blog/archives/231

这个推荐给以后想做系统生物学的同学,大概是我这两年半的时间里,看过的一些文章的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路,但是会有几个比较有前途的方向,list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想法的人,当然系统生物学并不是一个新的学科,只是系统生物学这个名词出现于1999年左右,因为目前深入到分子水平以后,生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我们所说的系统生物学只是处于起始阶段,有很多人提出了很多种观点和研究方法,也有很多人风光一时,但是后来又被时代的马车抛弃了。

鉴于我水平有限,这个只是介绍一下我知道的一些实验室,大部分是通过读文章了解的,所以应该也比较有限,也许会涉及到一些Synthetic Biology的,不会太多。

Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长,现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提出系统生物学概念的人,追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了,看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好像在搞microfluidic方面的东西,他很有商业头脑,diagnostic是一个利润非常大的领域,ISB站在前端。。。
类似的还有
Douglas Lauffenburger@MIT
Micheal Yaffe@MIT

* Tony Pawson@UT
这个并没有特别强调过systems biology的概念,但是做的都是高通量的研究,而且主功信号转导方向。。。有很多重要的结果,比如最近的那个信号转到系统是以domain为基础的进化的论文,在science signaling上的

Stanislas Leibler@Rockefeller
此人及其牛,是因为他座下出了三个牛人,下面会说。。。这个mitbbs上有人说他天才级人物。。。
这三个人物分别是:
* Micheal Elowitz@CalTech
* Uri Alon@Weizman Institute
Peter Swain@Edinburgh
这三个人都是他的弟子,尤其是前两个在系统生物学里面做的风声水起,虽然师出同门但是做的研究方向却不同,而且三个人的研究方向是三个philosophically different areas…而且这三个方向都是源于Stanislas的研究领域

跟Peter Swain相似的研究方向的是
* Johan Paulsson@Harvard
这个人是数学出身,曾在乌普萨拉大学一年拿了数学和生物的双硕士学位然后在剑桥读的博士,普林斯顿做的薄厚,在普林斯顿的时候,一个人发表了那片 summing up the noise in gene network。。。一篇数学文章发表在Nature。基本上所有做stochasticity in biological systems的人都会知道他了。不过现在在Harvard比较受限于数学背景,做试验要跟其他lab合作,很不爽,现在在招生物背景的人,估计想实验理论两手抓。。。Peter Swain跟他是同样的处境而且做的方向比较相近

* Sunney Xie@Harvard
Sunney Xie 是北大物理出来的,非常牛的一个人,做单分子荧光的,不要跟我辩论单分子荧光跟系统生物学有什么关系,囧。。。这个谢晓亮(他的中文名)算是生物光学领域里的执牛耳者了。。。具体可以去看一下他的文章,实验,技术,理论。。。各个都是牛X得很,他不仅做单细胞单分子实验研究生物系统的dynamics,也做物理仪器方面的光学实验研究,还有生物大分子动力学方面的理论研究。。。对这个人仰慕的一塌糊涂。。。确实是牛人,一个人居然在三个领域都如此精通而且做到最前沿,,,无语了。
Zhuang Xiaowei@Harvard 这个跟Sunney Xie是相似领域,不过专注于RNA

* James Collin@BostonU
这个人么我就不介绍了,也是很风云的一个人物
Jeff Hasty@UCSD 是他的弟子

Bernhard Palsson@UCSD
这个人原来做metabolism二十多年前就一直认为整个代谢系统应该从整体的角度上考虑,他那个flux balance analysis解决代谢系统很有效。。。

* Adam Arkin@UC Berkeley

* Frances H. Arnold@CalTech
非常elegant的一个大婶(从照片上看),做的研究也很elegant。。。而且这个大婶桃李满天下,有二三十个现在在做PI。。。里面我知道的一个是

* Linchong You@Duke 是Arnold的弟子,
大学毕业那年的暑假去北大听讲座就有他讲,当时还跟他谈了几句,很nice 的一个人

* van Oudenaarden@MIT
不说了,牛的一塌糊涂

** Wendell Lim@UCSF
下面隆重介绍我认为最make sense的一个人的研究,Wendell Lim原来是做structure的,然后focus在信号转导领域,他做过一系列的scaffold protein的研究,发表的那些文章perfect,而且他最近的一篇review讲的想法就是我原来一直希望能够出现的。。。以后详尽介绍一下Wendell Lim的研究工作。

PS:给陈JQ同学推荐一下Tony Pawson和Wendell Lim的研究工作,他们两个做信号转导,但是并不是单纯的阐明某个蛋白的机制,怎么影响其他蛋白,而是想的是更深层次的问题,可以详细的看看他们的文章。。。

备注:1)这个list不全阿,有很多其他国家的都没有考虑进去ETH就貌似有两位做的很出色。
2)其他还有很多方面没有考虑进去。。。以后有机会了再慢慢介绍?.
3)打星号的如果感兴趣,可以追踪他们实验室的研究进展,会很有收获。

 

生物信息学里的明星科学家-1

1. DAVID HAUSSLER 教授绝对是生物信息学里的实力派,现在Pubmed里的基因数据库早已空心化,原来的The Johns Hopkins的数据库倒了,美国的基因数据库重 点现在都转到了UCSC  Genome Browser上了。(http://genome.ucsc.edu/),这是翰森(HAUSSLER)教授领导的研究所和数据库,熟悉这个数据库的人 都知道它的功能非常强大,比Pubmed好用的多。翰森教授也是休斯医学研究所的研究员。美国科学院,艺术科学院双院院士。翰森教授最主要的贡献是著名的海得-马克吾模型(HMMs)建立的开拓者,这个模型被广泛用于分析DNA,RNA和单白质的序列分析上, 是近代生物信息学中的基本模型之一。

 Investigator, Howard Hughes Medical Institute
 Distinguished Professor, Biomolecular Engineering, University of California,Santa Cruz
 Director, Center for Biomolecular Science and Engineering
 He is a member of the National Academy of Sciences and the American Academy of Arts

and Sciences and a fellow of AAAS and AAAI. He has won a number of awards, including

the 2006 Dickson Prize for Science from Carnegie Mellon University and the 2003 ACM/ AAAI

Allen Newell Award.
主要代表性文章:


 (1) Nature Methods. 2009 Apr;6(4):239-40.
 (2) Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Sep 23;105(38):14254-61.
 (3) Science. 2007 Aug 17;317(5840):915.
 (4) Proc Natl Acad Sci USA. 2007 Nov 20;104(47):18613-8.
 (5) Nature. 2007 Nov 8;450(7167):219-32.
 
2. 犹太美女科学家-艾薇,现为哈佛-麻省理工的博德研究所的(助教授),Aviv Regev真的太牛了,Ph.D.只是在以色列读的,在哈佛做了几年Fellow就成了Broad/Whitehead研究所里的物信息学的明星,当然这跟哈佛MIT强大的犹太科学家关系网的扶持有关,超级牛人 Eric Lander所长很明显是喜欢Aviv的。今年Aviv(艾薇)博士双喜临门,刚刚和DAVID HAUSSLER获得了国际计算协会的大奖之一--青年创新奖,又被休斯医学研究所选为新科入门级的研究员,休斯医学研究所将给她支付未来6年里的研究室场地,人员, 工资和主要设备费用和150万美元的科研经费。
艾薇博士的主要贡献是创造性的开发出了抽象代数记算计语言来整合复杂多样的生物数据,如分子机理,信号传导途径和代谢合成路径。从而使我们能够用计算机更好的处理复杂多样和连锁的生物数据。
 
 Aviv was recently awarded the Burroughs Wellcome Fund Career Award at the 
 Scientific Interface to support her research on the function and evolution 
 of molecular networks. In addition to her position at the Broad Institute, 
 she is an assistant professor in the Department of Biology at MIT. 
主要代表性文章:


 (1)Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Mar 3;106(9):3264-9.
 (2)Nature. 2009 Mar 12;458(7235):223-7. 
 (3)Cell. 2007 Nov 2;131(3):544-56.
 (4)Nature. 2007 Sep 6;449(7158):54-61.
 (5)Nat Genet. 2004 Oct;36(10):1090-8.
 
Each year, the International Society for Computational Biology (ISCB; http://www.iscb.org) gives two

major awards to leaders and innovators in the field of bioinformatics. The awards committee, composed

of current and past directors of the Society and previous award winners, has announced that the 2008

Accomplishment by a Senior Scientist Award will be given to David Haussler of the University of California

Santa Cruz, Santa Cruz, California, United States, and the 2008 Overton Prize for outstanding achievement

 in early to midde career will be awarded to Aviv Regev of MIT and the Broad Institute of MIT and Harvard,

Cambridge, Massachusetts, United States. Both award winners are Associate Editors for PLoS Computational

Biology, an official journal of ISCB.
3. Claire M. Fraser-Ligget 克莱尔博士,很多人都知道是生物超人Craig Venter温特博士的前妻,曾经和温特博士一起建立了第一家私立的基因研究所(TIGR),开创性的采用随机高速基因组测序,再将数据用计算计拼装的划时代测序战略,挑战并赢得了与全世界所有大学里 当时采用的经典的先用BAC, YAC等克隆分装基因组片段,再进行测序的传统手段!开创了从微生物(噬血杆菌基因组测序)到人的全基因组测序的突破!




克莱尔博士后来又领导主挑完成首个人类基因组测序的工作的Venter研究所,成为全世界最有成就的100位女科学家,在微生物学和基因组学上有巨大的贡献。现为马里兰大学基因组研究所所长。


主要代表性文章:

(1)Sequencing and analyses of all known human rhinovirus genomes reveal structure and evolution.  Science. 2009 Apr 3;324(5923):55-9.

(2)Comparative genomics of the neglected human malaria parasite Plasmodium vivax. Nature. 2008 Oct 9;455(7214):757-63

(3)The human microbiome project. Turnbaugh PJ, Ley RE, Hamady M, Fraser-Liggett CM, Knight R, Gordon JI. Nature. 2007 Oct 18;449(7164):804-10

(4)Draft genome sequence of the sexually transmitted pathogen Trichomonas vaginalis. Science. 2007 Jan 12;315(5809):207-12.

(5)Global genetic population structure of Bacillus anthracis. PLoS ONE. 2007 May 23;2(5):e461.

 PLoS ONE. 2007 May 23;2(5):e461.


本文引用地址: http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=229469

国内及千人计划 http://bbs.sjtu.edu.cn/bbscon,board,PhysDept,file,M.1295173574.A.html  http://www.1000plan.org/

陈润生院士 生物信息学

http://sourcedb.cas.cn/sourcedb_ibp_cas/cn/ibpexport/200904/t20090403_45288.html

      韩敬东 生物信息学与系统生物学

 http://hanlab.genetics.ac.cn/

   中科院遗传与发育生物学研究所 研究员, 博士生导师
中科院遗传与发育生物学研究所分子系统生物学中心主任 (现为计算生物学所所长)
E-mail:
jdhan@genetics.ac.cn
1991年获中国药科大学学士;
1996年获Albert Einstein College of Medicine 博士;1997-1998年,为The Rockefeller University 博士后;
1999-2002年,为IT软件工程师;
2002-2004年,为Dana Farber Cancer Institute and Harvard Medical School博士后。
2004年中国科学院"百人计划"入选者,2005年获得国家杰出青年科学基金

研究方向

  1.研究生物网络的结构, 动态及其功能。
遗传基因的网络由网点(node) 和连接网点的网线(edge)组成。网点包括蛋白质,
基因调节的元素和基因转录产物;而网线是指实际的或遗传基因的相互作用。经过复杂的相互作用和逻辑操作,这些网络动态地形成复杂的、合乎逻辑的线路, 进一步形成整体结构,从而执行细胞的各种功能。
  2.利用functional genomics的数据,寻找疾病有关的基因及进一步研究其病理作用。
最近已经产生了大量模型生物的 proteomics 和整体生物学数据,例如,
酵母菌线虫果蝇的interactome、phenome、transcriptome,而且这些数据还在不断地向深度与广度方面延伸。同时,新类型的 proteomic 整体实验也不断加入,如promoterome、亚细胞定位、组织定位等。另一方面,这些方法已经开始应用于人类。对如何整合和挖掘这些大量原始数据提出了迫切要求。
  3.探求遗传基因网络中内在的安全稳定机制。
生物对单个遗传基因的干扰(perturbations)相当不敏感, 在大多数的情况下单一基因丢失并不造成生物的死亡。遗传基因通路的结构在基因敲除(knock-out)的情况下可能与正常状态下是不同的, 这意味着网络有可塑性(plasticity)。
  该研究组将利用data mining 的工具及网络理论建立计算模型与提出工作假设,而后用整体生物学的手段证实与改进模型和假设。

 

张子丁 中国农业大学 蛋白质相互作用,生物信息学

 http://cbs.cau.edu.cn/TeacherSynopsis.aspx?id=109&teacherId=05092

 研究方向

蛋白质生物信息学及其在农业生物技术中的应用研究。目前主要课题涉及蛋白质空间结构和功能位点预测的新算法开发,蛋白与其它分子相互作用的计算研究,集成生物信息学方法用于基因编码蛋白的功能注释

 

张奇伟(Michael Q. Zhang)博士 生物信息学

 http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/member/mzhang/

清华大学教授(国家海外高层次人才引进计划"千人计划"引进人才)、博士生导师、长江讲座教授

美国冷泉港实验室(CSHL)教授

张学工:清华大学       清华大学生物信息研究中心

 http://www.au.tsinghua.edu.cn/szll/XuegongZhangPage/XZhang_Chinese.htm


http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/bioserverweb/article_list_ch.php?fid=16

 

吴仲义 生态与进化基因组学

 http://pondside.uchicago.edu/ecol-evol/people/wu.html

http://www.big.ac.cn/yjdw/kyxmz/200908/t20090828_2450075.html

邓兴旺:细胞和发育生物学 耶鲁大学

http://www.yale.edu/denglab/

龙漫远 生物信息学,分子进化

http://www.oursci.org/ency/biology/021.htm
http://pondside.uchicago.edu/ecol-evol/faculty/long_m.html

http://pondside.uchicago.edu/

龙漫远教授主要从事生物信息学领域的研究,在基因组演化研究方面有很深的造诣,特别是在新基因的起源、性基因的演化等研究领域取得了多项突破性成果

 

马红:植物分子生物学与发育生物学 美国宾州州立大学生命科学教授

http://www.nlpmg.labs.gov.cn/nlpmg/academic%20committee.html

http://life.fudan.edu.cn/s/84/t/296/p/10/c/3325/d/3427/list.htm

李文雄 Wen-Hsiung Li
http://pondside.uchicago.edu/ecol-evol/faculty/li_w.html
李文雄(1942年9月22日- ),科学家,演化生物学家,台湾屏东人。中央研究院院士,美国艺术与科学院院士,美国国家科学院院士。1965年中原理工学院土木系毕业。1968年国立中央大学毕业,获地理物理学硕士学位。此后赴美,1972年获布朗大学应用数学博士学位。1973年执教德州大学医学中心,讲授遗传学。杨子恒
http://abacus.gene.ucl.ac.uk/ziheng/ziheng.html


杨子恒教授

当选为2006年度英国皇家科学院院士,他成为获此殊荣的首位旅英华人。 杨子恒1964年出生于甘肃,1984年毕业于甘肃农业大学畜牧系,1987年和1992年先后在北京农业大学获农学硕士学位和农学博士学位。他现为伦敦大学学院统计遗传学教授。 杨子恒的研究领域主要是分子进化论、分子分类学、计算机生物及生物信息学。主要研究内容是应用数理统计学及计算机科学的方法来分析分子遗传学资料,以推断不同生物物种间的进化关系,估算物种间的分化年代。他首创了以最大似然法为基础的模型和假说检验方法,该方法已成为分子进化理论研究的重要工具,他开发的软件在全世界得到广泛利用。


Dr Hervé Philippe

?volution

http://megasun.bch.umontreal.ca/Software/HPLab/HPLab.html


符云新 Yun-xin Fu
http://www.hgc.sph.uth.tmc.edu/fu/
符云新(Yun-xin Fu)教授,德克萨斯大学人类遗传学研究中心
德克萨斯大学休斯敦分校人类遗传学中心教授。符教授在群体遗传学和理论进化遗传学界有很高声望。美国NIH遗传研究委员会成员,世界著名杂志《遗传学》(Genetics)和《分子生物学和进化》(Molcular Biology and evolution)副主编。
金力 li Jin
1985年毕业于复旦大学生物系,1994年获美国休斯顿得克萨斯大学博士学位。1994年6月至1996年12月在美国斯坦福医学院从事博士后研究工作。现为美国得克萨斯-休斯顿大学公共卫生学院人类遗传中心和生物医学研究生院人类分子遗传工程副教授、复旦大学遗传学研究所教授、以及上海第二医科大学复旦-SSMU遗传学和生物医学中心和中国医学科学院医学生物学研究所名誉教授。主要从事人类和医学遗传、群体遗传学和基因组学方面的研究。他现任美国辛辛那提大学环境健康系基因组信息中心教授、中国教育部特聘讲座教授、复旦大学生命科学学院教授、博士生导师。
张建之 Jianzhi George Zhang
http://www.umich.edu/~zhanglab/
谷迅 Xun GU
http://xgu.zool.iastate.edu/
1996年在美国休斯敦得克萨斯大学获博士学位,1998年进入美国依阿华州立大学任教,2001年度全美十大杜邦杰出青年教授,现为该校遗传学系终身教授,复旦大学生命科学院特聘教授。研究领域涉及生物信息学, 计算生物学, 进化比较基因组学、系统生物学的演化、和人类遗传学和灵长类进化。

章伟雄:华盛顿大学(圣路易斯)计算机系、遗传学系教授
http://www1.cse.wustl.edu/~zhang/
章伟雄博士早年毕业于清华大学,后在加州大学洛杉矶分校(UCLA)获得博士学位,现任华盛顿大学教授、计算智能中心负责人,主要研究领域为计算机、生命科学交叉学科,研究项目集中在计算分子生物学、基因组学、人工智能、数据挖掘以及组合优化等多个领域

陈铭 浙江大学

个人简介

2006.3-: 浙江大学生命科学学院,生物信息学系

2005.3-: 浙江大学生命科学学院,植物研究所

2004-2005.3: 德国Bielefeld大学生物信息学博士后工作

2001-2004: 德国Bielefeld大学生物信息学博士研究生院,获生物信息学博士学位

2000-2001: 获德国Sachsen-Anhalt州科学和艺术部政府奖学金,自费留学Magdeburg大学计算机学院,攻读生物信息学博士学位,  后  转入德国Bielefeld大学生物信息学博士研究生院

1998-1999: 硕士毕业留校任教于浙江工业大学生物与环境工程学院

1995-1998: 浙江工业大学,生物化学工程专业,硕士研究生

1991-1995: 浙江工业大学,生物化学工程专业本科,后免试直升进入硕士研究生阶段
工作研究领域

生物信息学,系统生物学 mchen@zju.edu.cn http://www.cls.zju.edu.cn/binfo/  http://mypage.zju.edu.cn/personnelCard/mchen


黄炳顶 统生物学平台
浙江加州国际纳米技术研究院系统生物学
研究方向:
计算系统生物学,生物信息学 
EMAIL:
bdhuang@mail.systemsbiozju.org  http://www.systemsbiozju.org/lbyjs.php?id=6


沈红斌 上海交通大学 系统生物学研究所 研究员、博士生导师
数据挖掘与模式识别、生物信息学
http://www.csbio.sjtu.edu.cn/members/hongbin.htm

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