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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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rpy2 安装  

2010-10-11 11:55:45|  分类: linux&shell |  标签: |举报 |字号 订阅

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python下载地址:http://www.python.org/ftp/python/
pysqlite          http://code.google.com/p/pysqlite/downloads/list

编译 R 时需要指定  
--enable-R-shlib 
wget http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-2/R-2.11.1.tar.gz
./configure --prefix=/usr/local/R/R-2.11.1 --with-gnu-ld --with-cairo  --with-x --enable-R-shlib 
make && make install 


下载 rpy2 
需要指定 --r-home /usr/local/R/R-2.11.1/lib64/R/ 
wget  http://pypi.python.org/packages/source/r/rpy2/rpy2-2.1.4.tar.gz#md5=cf4e0d80ba498a6d76f107531966478d

python setup.py build --r-home /usr/local/R/R-2.11.1/lib64/R/  install


在环境里 
export R_HOME= /usr/local/R/R-2.11.1/lib64/R/
export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

官方说明 :
http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.1/html/introduction.html

R 下载 http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-2


% python -m 'rpy2.tests'


另外
RPy1.x 只能和R <= 2.7.x版本使用
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