注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

日志

 
 
关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

网易考拉推荐

用GBrowse定制你自己的基因组浏览器  

2010-04-19 20:03:14|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |

 

http://i.azpala.com/2009/04/14/gbrowse-make-your-own-genome-browser/

 

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4055a5940100e3de.html

用GBrowse定制你自己的基因组浏览器

接触过基因组学的同学想必都知道UCSC Genome Browser,在那里可以像看书一样浏览数十种物种的基因组,包括编码序列,调控序列,ChIP-chip数据,芯片数据,EST序列,保守序列等等; 可以指定要看的位置,比如Human chrX:151,073,054-151,383,976,随意放大缩小,展开或收起数据。

但是如果你想要浏览的物种不在UCSC Genome Browser,你应该试试GBrowse!GBrowse是个开源的基因组浏览器框架,你只需要导入特定格式的数据,就可以在GBrowse的图形界面里浏览你的基因组了。GBrowse的界面到底什么样子?可以看看FlyBaseWormBase.

下面就简单介绍一下GBrowse的安装、设置和使用。

安装

安装错误解决方法

设置

设置错误解决方法

使用

安装

这里只介绍Ubuntu/Debian下的安装方法,其他系统请参考GBrowse的wiki页面

首先,按照GBrowse的Ubuntu安装指南,安装Apache, libgd, MySQL和其他一些包,然后下载网络安装脚本 Generic-Genome-Browser/bin/gbrowse_netinstall.pl,运行:

sudo perl gbrowse_netinstall.pl

等待…如果没有错误,那么恭喜你,去买彩票吧。买之前可以在http://localhost/gbrowse欣赏一下安装成果。

安装错误解决方法

安装不出错是不正常的,不信去搜索一下GBrowse Intallation Error.

错误:Bio::Graphics版本过低

解决:不要使用网络安装脚本,手动安装

步骤:用CPAN安装Bio::Perl and Bio::Graphics

sudo perl -MCPAN -e ‘install GD::SVG’

sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Perl’ (if not working,  sudo apt-get install bioperl)

sudo perl -MCPAN -e ‘install Bio::Graphics’

如仍有错误,请参考http://gmod.org/wiki/GBrowse_2.0_Prerequisites,把所有需要的包都安装一遍。然后重复上面CPAN的安装命令。

如仍有错误,请自行Google…

如果一切顺利,则下载 http://downloads.sourceforge.net/gmod/Generic-Genome-Browser-1.69.tar.gz?use_mirror=voxel

进入解压后的文件夹:

perl Makefile.PL

make

sudo make install

于是GBrowse就安装好了。请去http://localhost/gbrowse欣赏一下安装成果。

设置

安装成功后,可以看到GBrowse教程:http://localhost/gbrowse/tutorial/tutorial.html

如果你没安装好,网上有完全一样的教程: http://mckay.cshl.edu/gbrowse/tutorial/tutorial.html

请仔细按照1. The Basics的步骤进行设置。

如果一切顺利,你会看到这个页面:http://localhost/cgi-bin/gbrowse/volvox

请自行参考教程下面的部分,have fun!

设置错误解决方法

错误:按1. The Basics设置后,这个页面:http://localhost/cgi-bin/gbrowse/volvox是空白或者返回Internal Server Error

解决:教程里有讲到,首先检查以下问题是否存在:

1. 检查文件volvox.conf是否正确

2. 检查文件volvox1.gff3是否存在于database目录

3. 如果是Windows系统,检查上面2个文件的扩展名,确定扩展名是conf或gff3而不是txt

4. 检查Apache server的error_log文件。

Linux下通常在 /usr/local/apache/logs, /var/log/apache2, /var/log/www, 或 /var/log/httpd

Windows下通常在C:\Program Files\Apache Group\Apache2\logs,

错误信息通常是找不到某某文件

错误:找不到Text/ShellWords.pm

解决:下载ShellWords.pm,然后在Perl库文件的目录下 (我的是 /usr/local/share/perl/5.8.8),创建目录 Text,然后复制ShellWords.pm到此目录。

使用

按照教程来玩,应该不会有啥问题。Enjoy!

以下文章也许和本文有点关系:

那年今天:

  评论这张
 
阅读(1370)| 评论(1)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2016