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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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RNA测序的原理和方法   

2010-01-11 21:36:26|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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next generation sequencing就直接测RNA,传统的还是先转cDNA,原因么应该是rna比较脆弱啦。。。cDNA比较稳定。不过弊端还是很多的比方一个很突出的就是3’端bias。。

所以现在有了next generation 的rna seq。原理是一样的不过就是直接测RNA了。

third generation里边就开始测single molecule了,如Helicos.

 

DNA和RNA的测序方法+ g8 w. \9 m2 |7 }1 R( l

7 `" F0 O: o' v& T; J, ?- A+ xDNA或RNA碱基序列测定方法,包括步骤:5 N. \3 z  A+ [; t! ?

1)将DNA或RNA单链固定于平面支持物上;7 E) T3 c9 V" W6 x) A, v$ S( d+ q

2)将一束激光聚焦于一条固定化的单链上;

* \( `" k; B9 \- B3)通过加入含有(i)用于合成DNA互补链的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶四种核苷酸的混合物或用于合成RNA互补链的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶四种核苷酸的混合物和(ii)一种聚合酶的溶液,用来产生上述被固定的、被聚焦的单链的DNA或RNA互补链,插入到互补链中的每一个被发光标记物标记了的核苷酸用单分子检测器进行检测,以及在下一个被发光标记物标记的核苷酸插入之前对前一个被发光标记物标记的核苷酸的发光信号进行检测。

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