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云之南

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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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生物信息数据库及相关分析服务器网址一览表  

2009-12-04 13:09:32|  分类: 生信数据库 |  标签: |举报 |字号 订阅

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                                                              《生物信息学札记》 樊龙江
  www.cab.zju.edu.cn/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm
     生物信息数据库及相关分析服务器网址一览表
 一、 重要主页(Important Home Pages)
 二、 生物信息数据库(Bioinformation Databases)
          1. 数据库目录
          2. 综合数据库
          3. DNA序列数据库
          4. RNA序列和核糖体数据库。
          5. 基因图谱数据库。
          6. 人类基因组数据库。
          7. 其他物种基因组数据库。
          8. 基因表达数据库。
          9. 基因突变、病理和免疫数据库。
          10. 蛋白质序列数据库。
          11. 蛋白质结构数据库。
          12. 比较基因组学和蛋白质组学数据库。
          13. 代谢途径和细胞调控数据库。
          14. 与农林牧有关数据库。
          15. 医学数据库。
          16. 其他数据库
三、 生物信息学相关分析服务器(Bioinformatics Analysis Servers)
           1. 使用手册等
           2. 序列搜索和检索
           3. 序列列线
           4. 新序列发送
           5. 序列开放阅读框(ORF)查找和翻译工具(
           6. 蛋白质分析工具
           7. PCR引物和探针数据库
*表中第二部分参照郝柏林、张淑誉编著的《生物信息学手册》,2000,上海科技出版社
     
重要主页
   ?   European Molecular Biology Laboratory (EMBL) ,欧洲分子生物学实验室。
       http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html
       Cambridge, UK.
   ?   UK Human Genome Mapping Project - Resource Center (HGMP-RC) ,英国医学研
       究委员会所属人类基因组图谱资源中心。
       http://www.hgmp.mrc.ac.uk/default.htm
   ?   SeqNet: UK Node of European Molecular Biology Network (EMBNet) ,欧洲分
       子生物学信息网。
       http://www.seqnet.dl.ac.uk/default.htm
   ?   GenBank ,美国国家生物技术信息中心 (NCBI)所维护的供公众自由读取的、带
       注释的DNA序列的总数据库。
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/index.html
       GenBank at the National Center for Biotechnology (NCBI) of The National
       Library of Medicine (NLM) at The National Institutes for Health (NIH)
       campus, USA.
   ?   National Center for Biotechnology Information (NCBI), 美国国家生物技术
       信息中心
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
   ?   DNA Databank of Japan (DDBJ) ,日本核酸数据库。
       http://www.ddbj.nig.ac.jp/default.htm
   ?   Genome Sequence DataBase (GSDB) ,美国国家基因组资源中心维护的DNA序列关
       系数据库。
       http://seqsim.ncgr.org/default.htm
       The National Center for Genome Resources, Genome Sequence Database.
       The server is a supercomputer with genomic algorithm accelleration.
   ?   Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), 在线人类孟德尔遗传数据库 。
       http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/searchomim.html
       Database of human genes and their disorders, with textual information,
       images and references. Links to Entrez and MedLine.
   ?   European Drosophila Genome Project
       http://edgp.ebi.ac.uk/default.htm
   ?   The Institute for Genomic Research (TIGR) ,美国基因组研究所。
       http://www.tigr.org/default.htm
                                              
www.cab.zju.edu.cn/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm
  ?   The Sanger Centre
      http://www.sanger.ac.uk/default.htm
  ?   Swiss Institute of Bioinformatics (Expasy)
      http://www.expasy.ch/default.htm
  ?   GenomeNet (Japan)
      http://www.genome.ad.jp/default.htm
  ?   Australian National Genomic Information Service (ANGIS)
      http://morgan.angis.su.oz.au/default.htm
  ?   Bioinformatics and Biology Resources on the Internet
      http://aeiveos.wa.com/biology/index.html
      An excellent site, well worth a visit!
  ?   List of other Genome Sites
      http://www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb/default.htm
      List of other genome web sites. Concise and clearly presented.
  ?   Brunel University Online Teaching Programme
      http://www.brunel.ac.uk/depts/bl/project/front.htm
  ?   Whitehead Institute for Biomedical Research (WI)
      http://www.wi.mit.edu
  ?   WICGR (WI/MIT Center for Genome Research)
      http://www-genome.wi.mit.edu
  ?   Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL)
      http://clio.cshl.org
  ?   SMI (Stanford Medical Informatics)
      http://www-smi.stanford.edu/projects/helix/
  ?   BNL (Brookhaven National Laboratory),美国布鲁克海文国家实验室
      http://genome1.bio.bnl.gov/
  ?   Weizmann Institute of Science ,以色列魏兹曼科学研究所
      http://bioinformatics.weizmann.ac.il
  ?   中国科学院上海生命科学院生物信息中心(BioSino)
      http://www.biosino.org.cn
  ?   北京大学生物信息中心(CBI或PKUCBI)
      http://www.cbi.pku.edu.cn
                                    
    ?   中国军事医学科学院情报研究所(AMMSnic)
    http://www.bmi.ac.cn/bio/
生物信息数据库
一.数据库目录
    2000年,出版《核酸研究》的牛津大学出版社设立了一个数据库目录网页,这个网页
把数据库分成18类。在郝柏林、张淑誉编著的《生物信息学手册》中,他们进行了合并,
又把数据库目录、农林牧有关数据库、医学数据库和文献单独列出,分成以下16类:
  1. 数据库目录
  2. 综合数据库。包括DNA序列阵:EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene
  3. DNA序列数据库。主要是与基因结构和认定有关的数据库,如密码子使用频度表、
        真核生物启动子库、内含子和外显子库等
  4. RNA序列和核糖体数据库
  5. 基因图谱数据库
  6. 人类基因组数据库
  7. 其他物种基因组数据库
  8. 基因表达数据库
  9. 基因突变、病理和免疫数据库
  10. 蛋白质序列数据库
  11. 蛋白质结构数据库
  12. 比较基因组学和蛋白质组学数据库
  13. 代谢途径和细胞调控数据库
  14. 与农林牧有关数据库
  15. 医学数据库
  16. 其他数据库
二.综合数据库
        INSD,国际核酸序列数据库(International Nucleotide Sequence Databank)。
由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
        EMBL库,欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。
      http://www.ebi.ac.uk/embl.html
        GenBank ,美国国家生物技术信息中心 (NCBI)所维护的供公众自由读取的、带
注释的DNA序列的总数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/
        DNA Databank of Japan (DDBJ) ,日本核酸数据库。
                                      
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
        GSDB是由美国国家基因组资源中心(NCGR)维护的DNA序列关系数据库(Genome
Sequence DataBase)。
 http://www.ncgr.org/gsdb/
        TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库,还有大量的EST序列和人类基因索引
(HGI)。
http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html
三.DNA序列和结构数据库
    包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
        BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
http://www.biosino.org/
        CUTG,密码子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
http://www.kazusa.or.jp/codon/
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html
        EPD,真核生物启动子数据库(Eukaryotic Promotor Database)。
http://www.epd.isb-sib.ch/
        TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC
        TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/
        OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
         http://www.ifti.org/
        RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
         http://www.girinst.org/~server/repbase.html
             MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
         http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html
        ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
         http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)
             Simple Repeats,简单重复序列库。
         http://ncbi.nlm.nih.gov
        
      COMPEL,复合元件数据库。
       ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)
      MPDB,分子探针数据库。
       http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html
      HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库,主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。
       http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/
      PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库.
       http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/
      PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物.
       http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/
  ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
      Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列.
       http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/
      HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库.
       http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html
      OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database).
       http://www.cme.msu.edu/OPD/
      dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库.
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/
  ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)
      dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息.
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/
  ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)
      AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白
       质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据.
       http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB
      HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。
       http://acnuc.univ-lyon1.fr/
  ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)
           DNA结构参数库.
       ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
   
            NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚
        体结合的位点.
        ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/
            SELEX_DB,随机化序列库.
        http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/
            ASDB,交替剪接基因的数据库.
        http://hattrick.lbl.gov:8888/
       Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。
        http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/
       IDB和IEDB前者是内含子序列数据库,后者是内含子演化数据库。
        http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html
       EID,外显子、内含子数据库。
        http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/
       ExInt,外显子、内含子数据库。
        http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html
       NDB,核酸晶体结构数据库。
        ftp://ndbserver.rutgers.edu/
   http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
       VectorDB,载体数据库。
        http://vectordb.atcg.com/
       Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。
        ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)
   ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)
四.RNA序列和核糖体数据库。
       1993年成立的RNA学会,在出版RNA刊物同时,还维护着两个信息网页:
        http://www.pitt.edu/~rna1/
   http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html
       snoRNA,小核仁RNA数据库。
        http://www.bio.umass.edu/biochem/rna-sequence/Yeast-snoRNA-
        Database/snoRNA-DataBase.html
       Small RNA数据库。
                                                 158
                                                            《生物信息学札记》 樊龙江
www.cab.zju.edu.cn/cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm
       http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html
      RNAse P数据库,包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型。
       http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html
      tmRNA网点。包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导
       引,以及简要综述等。
       http://www.indiana.edu/~tmrna/
      tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
       http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html
      gRNA,导引RNA数据库。
       http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/
      SRPDB,信号识别粒子数据库。
       http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
      TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。
       http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/
    类病毒和类病毒样RNA数据库。
    http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/
      UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据
       库,UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
       http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/
      ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。
       http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html
      RNAmods,RNA修饰数据库。
       http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html
  ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)
      AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。
       http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html
      tRNA序列和基因、结构与功能数据库。
  http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/
      PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。
  http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/
                    
  http://www.ebi.ac.uk/services/
      16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库,是一批
       16S和23S核糖体RNA突变数据库。
  http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html
  ftp://acad.fandm.edu(/nar/)
      RNA www,RNA二级结构网页,也有16S RNA和23S RNA的数据。
  http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/
      uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。
  http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html
      U-insertion/deletion,编辑序列数据库,包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基
       因和编辑后的mRNA序列。
  http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html
      PseudoBase,假扭结数据库。
  http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html
      RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以
       及亲缘树组成。
  http://www.cme.smu.edu/RDP/
  http://rdpwww.life.uiuc.edu/
  http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)
      SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。
  http://rrna.uia.ac.be/ssu/
      LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。
  http://rrna.uia.ac.be/lsu/
      5S rRNA数据库。
  http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html
      DRC,核糖体交链数据库。
  http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/
                         
       ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。
   http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/
       RNA非正则配对数据库。
   http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/
五.基因图谱数据库
       Rhdb,辐射杂交数据库。
   http://www.ebi.ac.uk/RHdb
   http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html
   ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)
       Mouse RH数据库。
   http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/
       GDB,人类基因组数据库。
   http://www.gdb.org/
   ftp://ftp.gdb.org
       GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。
   http://www.ncbi.nih.gov/genemap/
       HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。
   ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)
六.人类基因组有关数据库
   人类染色体数据网址:
        1         http://linkage.rockefeller/chr1/
                  http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr1
        2         http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr2
        3         http://mars.uthscsa.edu/
                  http://www.genomics.org.cn/
                                
       4         http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr4
       5         http://www.jgi.doe.gov/
       6         http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr6
       7         http://www.genet.sickkids.on..ca/chrdb
       8         http://www.gc.bcm.tmc.edu:8080/chr8/home.html
       9         http://www.gene.ucl.ac.uk/chr9
                 http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr9
       10        http://www.cric.com/htdocs/chr10-mapping/
                 http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/
       11        http://chr11.bc.ic.ac.uk/
                 http://mcdermott.swmed.edu/datapage/
                 http://shows.med.buffalo.edu/database.html
       12        http://paella.med.yale.edu/chr12/home.html
       13        http://genome.ccc.columbia.edu/~genome/
                 http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr13/
       14        http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr14/
       15        http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/
       16        http://www.jgi.doe.gov/
                 http://www.tigr.org/tdb/humgen/c16.html
       17        http://bioinformatics.weizmann.ac.il/
       18        http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr18/
       19        http://www.jgi.doe.gov/
                 http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html
       20        http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr20.txt
                                   
                  http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/
        21        http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr21.txt
                  http://www-eri.uchsc.edu/chr21/welcome.html
                  http://www.cephb.fr/chromosome21.html
        22        http://www.cbil.upenn.edu/HGC22.html
                  http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr22.txt
                  http://www.sanger.ac.uk/hum22/HGP/chr22/
                  http://www.genome.ou.edu/gifs/
        X         http://www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx..txt
                  http://gc.bcm.tmc.edu:8080/chrX/home.html
                  http://www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/
        Y         http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchry.txt
        线粒        http://www.infinity.gen.emory.edu/mitomap.html
        体
1.人类基因组测序中心
            HUGO是人类基因组组织的缩写。
       http://hugo.gdb.org/
            HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分,其中反映中国情况
            的短文在:
       http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html
            美国能源部支持的人类基因组计划
       http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html
            美国国家卫生署对人类基因组计划的支持,通过NHGRI即国家人类基因组研究
            所(National Human Genome Research Institute)体现。
       http://www.nhgri.nih.gov/
                           
           英国Wellcome Trust是人类基因组计划的另一个主要资助者。
      http://www.wellcome.ac.uk/
           百慕大原则:测序的中间和最终结果都必须迅速的公开。
      http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html
           世界上主要人类基因组测序中心的名单。
      http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html
      http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html
           NCBI的GenBank数据库从1999年10月起,建立了智人基因组子目录,其下按染
           色体编号设子目录。
      http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/
           英国的Sanger中心的人类基因组计划网页,不仅有它们负责测序的染色体数
           据,还有到其他染色体数据的链接。
      http://www.sanger.ac.uk/HGP/
           日本的DDBJ和信息生物学中心(CIB)联合建立了一个Human Genomics
           Studio,可以按染色体编号检索和查找基因序列。
      http://studio.nig.ac.jp/
           Sanger 中心是世界上最大的DAN测序中心之一。承担人类基因组计划的三分
           之一,集中在1、6、9、10、13、20、22和X。
      http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html
       LBNL,Lawrence Berkeley           国家实验室。
      http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html
           LLNL,Lawrence Livermore 国家实验室。
      http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html
           LANL,美国洛斯阿拉莫斯国家实验室。
      http://www-ls.lanl.gov/index.html
           JGI,由美国能源部支持的,依托LBNL、LLNL和LANL三个国家实验室的人类基
           因组研究部门建的联合基因组研究所(Joint Genome Institute)。
                                            
       http://jgi.doe.gov/
            UWGC,华盛顿大学基因中心,是国际上最活跃的测序中心之一。
       http://www.genome.washington.edu/
       ftp://ftp.genome.washington.edu/
            SHGC,斯坦福大学人类基因中心,主要做高分辨率辐射杂交图谱,以及人类
            第四号染色体BAC克隆的测序。
       http://www-shgc.stanford.edu/
            美国哥伦比亚大学基因中心,主要研究和人类疾病有关的基因和第13号染色
            体图谱。
       http://genome1.ccc.columbia.edu/~genome/
       http://genome3.cpmc/columbia.edu/~legion/
            GENETHON,法国人类基因组研究中心。
       http://www.genethon.fr/genethon_en.html
2.人类基因组有关数据
            GenBank、 EMBL 、GSDB 、GDB等综合数据库的主要内容都来自人。
       UniGene,人类基因序列集合,搜集了GenBank中不同基因产物的序列。
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
            HIB数据库,是德国人类基因组计划中基因分析项目所建立的自动注释的基因
            集团数据库。
       http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/
            dbSNP,设在美国国家生物技术信息中心NCBI的单核苷酸多态性数据库,收录
            单核苷酸置换,以及短的删除和插入所导致的多态性。
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
            Whitehead的生物医学研究所的人类单核苷酸多态性(SNP)数据库。
       http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/human
            HGBASE是人类双等位基因序列(Human Genic Bi-Allelic Sequences)的缩
            写,这是人类基因从启动子到转录终点,即基因及其前后所发现的所有单核
            苷酸多态性和其他变化的数据库。
                                           
      http://hgbase.interactiva.de/
      http://hgbase.cgr.ki.se/
           位于St.Louis的华盛顿大学的SNP数据库。
      http://www.ibc.wustl.edu/SNP/
           I.M.A.G.E协作组,他们共享高质量的cDNA克隆库,并把有关序列、图谱和表
           达数据公开。
      http://www-bio.llnl.gov/bbrp/image/image/html
           美国菌种保藏中心(American Type Culture Collection)。
      http://www.atcc.org/
           GenMapDB,V.Cheung实验室维护的一个BAC图谱数据库。
      http://w95vcl.neuro.chop.edu/vcheung/
           BAC Ends,人类BAC末端数据库。
      http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/
           HUGE,人类未经实验证实的编码基因的数据库。
      http://dazusa.or.jp/huge/
           IXDB,集成的人类X染色体物理图谱数据库。
      http://ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/
           Genotype,法国人类多态性研究中心的基因型数据库。
      http://www.cephb.fr/cephdb/
           VIRGIL,专门为GDB中的人类基因和GenBank中的DNA序列提供对应链接关系的
           数据库。
      http://www.infobiogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.html
      ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl)
           KinMutBase,人类致病蛋白质激酶突变数据库。
      http://www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/
           CpGIsle,人类基因中CpG岛数据库。
                                             
      ftp://bioslave.uio.no(/cpgisle)
              ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/cpgisle/)
              ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/cpgisle)
           p53数据库。研究人类肿瘤及肿瘤细胞系p53基因突变的数据库,包括:p53
           库、体细胞突变库、种系突变库和细胞系突变库。
       http://perso.curie.fr/tsoussi/
           IARC p53数据库。法国国际癌症研究会的肿瘤和细胞系P53基因突变数据库。
       http://www.iarc.fr/p53/homepage.html
       http://www.ebi.ac.uk/
           p53数据库。具有癌症倾向家族P53种系突变数据库。
       http://www.lf2.cuni.cz/projicts/germline_mu_p53.html
       ftp://ftp.lf2.cuni.cz(/pub/doc/medical/)
           人类P53基因突变及软件。
       http://metalab.unc.edu/dnam/des_p53.html
           人类hprt即次嘌呤磷酸核糖基转移酶基因突变数据库和在PC视窗下运行的分
           析软件。
       http://metalab.unc.edu/dnam/des_hprt.html
           转基因啮齿动物LacI数据库。
       http://metalab.unc.edu/dnam/des_laci.html
           转基因啮齿动物LacZ突变库。基因突变数据库及分析软件。
       http://matalab.unc.edu/dnam/des_lacz.html
           WRN基因突变与遗传病Werner综合征有关。
       http://www.pathology.washington.edu/werner/ws-wrn.html
           OMIM,在线人类孟德尔遗传数据库 。
       http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/
           STACK,南非国家信息中心SANBI维护的一个序列标记联配和代表序列知识库。
                                              
         http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html
             SANIGENE是与STACK密切相关的一个数据库。它包含所有经过计算机处理联配
             过的人类基因EST的集团。
         http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html
七.其他物种基因组数据库
              DOGS,基因组尺寸数据库。
                http://www.cbs.dtu.dk
              GenBank的/genomes/子目录:
                ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)
                EuGenes,真核生物基因综合知识库,目前包括果蝇、人、小鼠、拟南芥、线
          虫、酵母、和斑马鱼的数据。
          http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes
1.原核生物基因组
            细菌基因组计划的进展情况,可从以下网站查询:
        http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html
            MOT ,欧洲生物信息研究所EBI的基因组测序进展表。
        http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/
            GIB,日本DDBJ设立的Genome Information Broker for microbial genomes
            的缩写。
        http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/
            MAGPIE测序计划清单也可以参考。
        http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html
            EMGLib,增补微生物基因组库。
        http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html
            大肠杆菌K12菌株的完全基因组序列,可由GenBank的子目录/genomes/获取,
            或从华盛顿大学大肠杆菌基因组中心,即Blattner实验室的网页读取:
        http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/
                                         
          ECDC,大肠杆菌菌株K12的基因序列库,包括基因、读框、调控区、启动子、终
          止子、tRNA和rRNA等。
      http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html
      ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)
          EcoGene和EcoWeb,大肠杆菌K12菌株基因组数据库,包括基因、蛋白质、基因
          间蛋白质组信息。
      http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/
          RegulonDB,大肠杆菌转录调控和操作子数据库。
      http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/
          NRSub,非冗余枯草芽孢杆菌DNA数据库,包括完全基因组、密码子使用表、基
          因图谱和基因家族。
      http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html
      ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)
          HIDB,流感嗜血菌完全基因组的原始数据库。
      http://www.tigr.org:80/tdb/mdb/hidb/hidb.html
      ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae
          HIDC,流感署血菌基因序列库。
      http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html
          CyanoBase,蓝细菌数据库,实际上是集胞蓝细菌的基因组数据库。蓝细菌具有
          氧化和光合作用所需的全套基因。
      http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html
          MJDB,詹氏甲烷球菌基因组数据库。
      ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)
      http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html
          MycDB,分枝杆菌数据库。
      http://www.biochem.kth.se/MycDB.html
          RsGDB,类球红细菌基因组数据库。第一作者联系:
                                   
        mailto:/madhu@utmmg.med.uth.tmc.edu
            PGI,疫霉属基因预研究计划的数据库。
        http://www.ncgr.org/pgi/
2.真菌基因组
            SGS,酿酒酵母基因组数据库。
        http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/
        ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)
            LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是酿酒酵母基因组中蛋白质编码序列及其同源性
            的数据库。
        http://www.ch.embnet.org/
        ftp://bioftp.unibas.ch
            MYGD,酵母基因组、蛋白质和同源关系的数据库。
        http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/
            YIDB,酵母内含子数据库。
        http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html
            MNCDB,由德国MIPS所维护的粗糙链孢霉基因组数据库。
        http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/
            真菌基因组资源的网址:
        http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html
            FGSC,真菌遗传学信息中心。
        http://www.fgsc.net/
3.原生生物和线虫基因组
            欧洲生物信息研究所EBI的原生生物网页:
        http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/
                AceDB,线虫综合数据库。
        ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)
                                          
        ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)
        ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)
            关于线虫发育特别是化学感觉神经的研究。
        http://devbio-mac1.ucsf.edu/
4.昆虫基因组
            斯坦福大学的果蝇基因组中心。
        http://www.fruitfly.org/
            FlyBase,果蝇基因和分子数据库。
        http://flybase.bio.indiana.edu/
        ftp://flybase.bio.indiana.edu/
            FlyNets,果蝇分子和遗传相互作用数据库。
        http://gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/
            GIF-DB,果蝇胚胎发育过程中基因相互作用的WWW数据库。
        http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html
            哈佛大学的果蝇网页。
        http://morgan.harvard.edu/
            MsqDB,蚊子基因数据库。
        http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html
        ftp://klab.agsci.colostate.edu
5.鱼类数据库
            美国国家卫生署1997年建立的斑马鱼网页。
        http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/
            ZFIN,斑马鱼基因组、发育突变和野生种系数据库。
        http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/
            Fugu是河豚的数据库。
                                    
        http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/
6.啮齿动物基因组
     下面是有关家鼠的数据库。
            M.Musculus基因组库。
        ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)
            MGD,家鼠基因组库,现在又称MGI即家鼠基因组信息库。
        http://www.informatics.jax.org/mgd.html
        ftp://ftp.informatics.jax.org/
            Cre转基因家鼠系的数据库。
        http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html
            RatMap,大鼠基因图谱数据库。
        http://ratmap.gen.gu.se/
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