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我国生物信息学最早10年(e书下载)  

2009-12-19 22:42:45|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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我国生物信息学最早10年   (e书下载)
[ 2009-1-1 19:30:00 | By: seabbi ]
  http://www.bbioo.com/blog/bio/seabbi/
  http://biohjanime.blog.sohu.com/
2
推荐我国生物信息学最早的10年(80年代)
早于1980年江寿平研究组开始生物信息学研究,是国内最早和唯一从多方面开展生物信息学研究的组,当时国外也是少见,在国际上也是较早的.十几年后生物信息学成为最热门学科之一


江寿平研究组 上海生物化学研究所
研究组成员(理论研究方面):乐树云 吴伟雄 刘志平 宣建成 王良鹏(全是硕士,还有生化所生物化学学者参与研究)
刘次全主编:"量子生物学及其应用" 它反映了国内外生物信息学研究工作,更多的是1987年前国内生物信息学研究成果,它涉及国际上早期生物信息学研究的一些主要方面.陈洪和刘次全把江寿平研究组的有关生物信息学论文系统地整理编写成一章(详见书)。
书中引用该组1977-1987年文献50篇:发表在中国科学(5篇)、科学通报(10)、生物化学与生物物理学报(15)、生物物理学报(3)、分子科学学报(3)、分子科学与化学研究(2)、结构化学(2)、南京大学学报(1)、自然杂志(2)、生物化学与生物物理进展(1)和生物科学动态(1), 并在国际学术会上(3)和Biopolymers上发表、这是我国生物信息学论文首次在国外发表.
涉及蛋白质和核酸分子的二和三级结构和功能的预测, 改进和发展了算法和预测方法, 开发了国内首批的生物分子序列数据分析和处理,蛋白质和核酸结构预测等一系列软件。 应用这些程序分析和处理生物分子序列数据,并对生物分子的结构和功能进行了许多研究, 研究处在当时国际水平, 取得了一些重要的成果, 开拓了我国生物信息学这一领域。


蛋白质分子结构与功能的预测
提出了一个蛋白质分子二级结构预测快速算法。这个算法考虑到疏水性对结构的形成起重要作用,提出了解决α螺旋和β折叠结构势归属的新算法, 改进了经典的预测方法。利用此算法对干扰素、硫氧还原蛋白、腺苷酸和磷酸甘油酸激酶分子的二级结构和疏水性进行了分析。应用改进经验势能公式, 结合变量轮换法和改进变尺度能量最小化方法,发展了一套三级结构预测程序。对乙型肝炎病毒的表面抗原蛋白分子的结构进行了计算,给出了它们的二、三级结构及分析其氨基酸残基的极性, 指出了抗原蛋白的抗原决定簇在肽链中的定位。 用上述方法研究了胰岛素原C-肽片段之间相互作用和构象特征, 说明了某些肽段实验与理论反应产率之间差异的原因; 阐明了两肽段之间构象与耦联反应产率的关系, 希能对设计多肽合成路线提供有益信息。此外改进了ECEPP 程序和用模式识别方法提高了蛋白质分子二级结构预测准确率。


核酸分子结构与功能的预测
建立了对tRNA基因进行模式识别程序,利用它成动功地在人线粒体DNA基因序列中预测了tRNA基因序列及结构特征。基于核酸分子是处于它的最小自由能的折叠结构, 采用了拓扑平面图的数学处理, 提出了一个递归的, 动态的, 快速的新算法。通过此算法预测了大肠杆菌16SrRNA、球蛋白的mRNA、病毒的RNA和13种5.8S rRNA分子的二级结构,并给出了它们的二级结构模型; 揭示了它们的结构特征与功能关系; 提出了动物5.8S rRNA的二级结构通式。研究了一些RNA分子的折叠及其动态过程。利用快速算法探讨λDNA噬菌体mRNA翻译起始区域的高级结构,阐明了蛋白质合成率与其翻译起始控制区内片段mRNA二级结构的关系。并研究了大肠杆菌RNA聚合酶识别启动子的结构特征, 提出它的识别启动子可能结构模型及其结构特征与启动效率的关系。


核酸序列数据分析处理系统
它储存了1983年前发表的核酸序列数据,编写了一系列的计算机程序,具有输入、存贮、编辑、打印、绘图、复制、翻译、搜索、识别、比对、计算、分析处理序列数据。如限制性核酸内切酶切点的识别和图谱的构造; 氨基酸密码子翻译和频度计算; 启动子,发夹结构等的识别;, 核酸互补链的构造,序列中重复序列的检测及对重叠序列片段的二核酸序列实现拼接组合等功能。此外还有预测核酸和蛋白质分子二级结构程序。


同时培养了国内最早的几个生物信息学交叉学科硕士.
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国内生物信息学学者在1989年前发表的有关生物信息学论文:
http://hi.baidu.com/qiaonancn/blog/item/c5e7a21cc2d7d88a86d6b66f.html
(1)刘次全 中国科学院昆明动物研究所(云南大学现代生物学中心)
1.5SRNA二级结构的研究 1.一种以Fox模型为基础的微型计算机方法 动物学研究 1984
  (刘次全主编:量子生物学及其应用 完稿于1998
  国内最早涉及生物信息学的著作,也是唯一本在学科命名前把该学科研究成果编写入书)
2.贺林 等
  用微型计算机构建人线粒体基因组限制性核酸内切酶的计算机程序图  中华医学遗传学杂志 1985
  用微处理机检索限制性核酸内切酶在基因组中的识别位置  现代医学 1986
3.陈润生 王化军等 (还有其他论文)
 预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法  生物物理学报 1989
4.徐筱杰 来鲁华等
  Urokinase片断的二级、三级结构预测及构效关系研究 物理化学学报 1987
  蛋白质二级结构预测的综合分析 王鹏良等 物理化学学报
  (1987年建立了国内最早的分子动力学模拟实验室 用CHARMM)
5.施蕴渝
  生物大分子溶液结构测定和动力学研究方面的重要进展——二维核磁共振波谱和分子动力学模拟  生物物理学报 1987
6.罗静初 等
  核酸和蛋白质一级结构序列的计算机分析 中国生物工程杂志 1988
7.罗辽复等 内蒙古大学 (国内最早应用统计方法到序列分析))
  核酸起始序列、终止序列和插入序列的统计分析  生物物理学报 1987
  肽键的统计分析和蛋白质的二级结构  中国生物化学与分子生物学报 1988
  氨基酸突变及其对蛋白质二级结构的影响 郑州轻工业学院学报(自然科学版) 1988
  -------------------------------------------------------------
1.我国生物信息学研究开始早于1980, 上海生化所江寿平研究组
2.刘次全主编:量子生物学及其应用 完稿于1988
  国内最早涉及生物信息学的著作,也是我国唯一本在学科命名前把该学科研究成果编写入书
3.1997.3 北大生物信息学中心成立
4.2000.3 中科院上海生物信息学中心成立
5.2000 生物信息学(李衍达等译),生物信息学手册(郝柏林等)
  2000以后许多研究室或研究组成立
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生物信息学 (2000以后) 下载
1.《生物信息学手册》 郝柏林等
http://www.bbioo.com/Soft/2008/2276.htm
2.《生物信息学 基因和蛋白质分析的实用指南>> 李衍达等译
http://home.imhb.cn/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=143754
3.《简明生物信息学》钟扬等主编
http://www.hjcz.org/bbs/read.php?tid=123482
*http://www.netyi.net/training/8c872bca-3a51-4bea-8d9d-f85d3b09d243
4.《生物信息学札记》樊龙江
5.http://www.cab.zju.edu.cn/ics/laborate/Bioinplant/courses/Bioinformatics_note.htm
  http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/courses/Bioinformatics_note_V.2.htm
6-7.《生物信息学》孙啸
  《生物信息学概论》 孙啸等译 
http://www.lmbe.seu.edu.cn/chenyuan/xsun/BioinformaticsInternetStudy/BioinformaticsInternetStudy/Ebook_bioinfo.htm
http://www.lmbe.seu.edu.cn/chenyuan/xsun/BioinformaticsInternetStudy/BioinformaticsInternetStudy/Ebook_bioinfo/生物信息学.rar
8.《后基因组信息学》孙之荣等译,
*http://www.netyi.net/training/93c5c1d6-a772-47d9-9ef5-1d801a4f6909.aspx
9.《生物信息学:机器学习方法》 张东晖等译
http://bbs.bioon.com/bbs/viewthread.php?tid=263620&extra=page%3D3
10.《生物信息学中的计算机技术》孙超等译
http://www.genecool.com/bbs/thread-15563-1-1.html
11.《生物信息学:序列与基因组分析》原版 钟扬等译
http://www.bbioo.com/Soft/2007/2097.htm
http://www.bio-soft.net/bookhtml/bsga.htm
http://download.csdn.net/source/248095
12.《生物信息学算法导论》王翼飞等译
http://d01.megashares.com/?d01=f21ca8f
http://download.csdn.net/source/563695
13.《生物信息学方法指南》原版 欧阳红生等译
http://home.imhb.cn/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=152965
14.《生物信息学》北大生物信息中心
http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/index.html
http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/
http://abc.cbi.pku.edu.cn/
15.清华生物信息学教程 黄英武 等
http://www.bbioo.com/Soft/2007/2096.htm
16.生物信息学课件教程(河北农业大学)
http://www.bbioo.com/Soft/2007/2209.htm
17.生物信息学讲义(西南交通大学)
http://www.bbioo.com/Soft/2007/2105.htm
18.简明生物信息学基础实验讲义
http://www.bbioo.com/Soft/2008/2275.htm
19.生物信息学培训教程 华大基因
http://bbs.bioon.com/bbs/viewthread.php?tid=266342&extra=page%3D1
20.《生物信息学》讲义 华中农业大学
http://bbs.bioon.com/bbs/viewthread.php?tid=269999&extra=page%3D4
21.生物信息学课程-桂林医学院
http://www1.glmc.edu.cn/genome/
http://www1.glmc.edu.cn/genome/list.asp?boardid=22
http://www1.glmc.edu.cn/genome/index9.asp
22.华南理工大学生物信息网格平台
http://biogrid.scut.edu.cn/bioinfo/link/index.htm
23.清華大學生物資訊中
http://bioinfo.life.nthu.edu.tw/
35.Applied Bioinformatics Course
http://www.cbi.pku.edu.cn/
26.北京基础医学研究所计算生物学中心
http://www.biosun.org.cn/
27.哈尔滨医科大学生物信息学系
http://www.biocc.net/index_main.htm
28.Zhejiang University
http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/
29.Blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.html
30-40.《生物信息学导论》课程-北京大学理论生物学中心
http://ctb.pku.edu.cn/main/Course.htm
-------------------------------------------------------------------------
http://ctb.pku.edu.cn/main/Course/FurtherReading.htm
 《What is life?》(Schrodinger,1944)(中文译本)
 《Double helix》(J.D. Watson) (中文译本)
 《Primer on Molecular Genetics》(DOE Human Genome Program,1992
 《生物信息学英文小词典》(2001)
 《生物信息学中的计算机技术(英文版)》
 《Computational Moleculer Biology》(Peter Clote)(2000)
 《Bioinformatics-Sequence and Genome Analysis》(David W. Mount)(2001)
 《Bioinformatics Computing》(Bryan Bergeron)(2002)
  王梓坤:《生命信息遗传中的若干数学问题》(2000)
 《隐Markov模型方法讲义》
---------------------------------------------------------------------------
41-54 生物信息学 - 西南交通大学
http://jpkc.swjtu.edu.cn/C54/Course/Index.htm
 
 Introduction to Bioinformatics  
 Bioinformatics  
 cp in bioinformatics  
 bioinformatics SECOND EDITION  
 Bioinformatics Computer Skills  
 生物信息学手册  
 生物信息学概论  
 TOM的机器学习方法  
 bioperl  
 Beginning Perl for Bioinformatics  
 PERL编程24学时教程  
 MATLAB  
 BLAST  
 BioJava   
56.生物信息学概论_第四军医大学
 http://download.csdn.net/source/1195322
57.生物信息学-赵国屏等
http://home.imhb.cn/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=191987
58.2007清华全国生物信息学培训资料
http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/GSSBC07/index
59.生物信息学方法与实践
http://home.imhb.cn/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=143744
60.生物信息学绪论-中山大学
http://bbs.bbioo.com/thread-18073-1-1.html

61.蛋白质的结构预测与分子设计 来鲁华等
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/5190000.html?from=isnom (2分)
http://www.goodfor.com.cn/Soft/HTML/6408.html
http://www.soudoc.com/bbs/thread-8710456-1-1.html
62. 探索--基因组学、蛋白质组学和生物信息学-孙之荣主译
http://home.imhb.cn/indexCF/home/MyDocumentDown.aspx?MSAutoID=28742
63.计算生物学和系统生物学基础讲义
http://iask.sina.com.cn/user/my_ishare.php?uid=1419224700
利用X射线晶体衍射图及核磁共振谱解析
同源建模
DNA微阵列与聚类分析
基于计算的蛋白质组注释
基于计算的蛋白质设计
 蛋白质结构预测方法:同源建模与折叠识别... 
分子建模:方法及应用
蛋白质结构与分类导论
蛋白质二级结构预测
RNA二级结构预测
DNA序列进化
DNA序列分析中的马尔科夫模型与隐马尔科
DNA模体建模与识别
DNA序列比较与比对
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