注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

云之南

风声,雨声,读书声,声声入耳;家事,国事,天下事,事事关心

 
 
 

日志

 
 
关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

网易考拉推荐

生物信息学软件下载地址  

2009-11-05 09:22:06|  分类: 生信分析软件 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
不断更新中  .........

对序列进行组装,如果是重测序,可以用MAQ进行组装; http://maq.sourceforge.net/
  如果是对新物种进行(de novo)测序,用velvet进行组装. http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

常用到的编码基因用到的软件有:
  Augustus: http://augustus.gobics.de/
  Fgenesh: http://www.softberry.com/
  Genemark: http://exon.biology.gatech.edu/
对预测的基因进行功能(Gene On
tology,调控Motif,Pathway等)注释:
  可以使用的软件有:InterproScan,SignalP,SMURF 
http://www.ebi.ac.uk/Tools/InterProScan/
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
常用的进化树分析软件:

  MEGA:http://www.megasoftware.net/

 

 

常用生物信息软件链接地址

1.基因芯片阅读图像分析软件--scanAlyze

    进行微阵列荧光图像分析,包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式,可很容易地转化为任何数据库

    下载:http://www.bioon.com/Soft/Class1/Class18/200409/240.html

    用户使用手册:http://bio.biox.cn/protocols/200706/20070626222607_27711.shtml

2.基因芯片数据分析软件--SAM(Significance Analysis of Microarrays )

    微阵列显著性分析软件,EXCEL软件的插件,Stanford大学编制。

    下载与介绍:http://www.bio-soft.net/chip/SAM.htm    http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/

3.显示和统计分析DNA微阵列基因表达数据软件包--BRB-ArrayTools

    使用手册:ftp://linus.nci.nih.gov/pub/techreport/Manual_v3_7_0.pdf

    下载:http://www.bio-soft.net/chip/BRBArrayTools.htm

4.微阵列数据处理excel插件--ArrayTools

    下载:http://www.bio-soft.net/chip/ArrayTools.htm

5.用图形来显示Cluster软件分析的结果,用来发表--TreeView

    下载:http://www.bio-soft.net/chip/TreeView.htm

    相关手册:http://www.bbioo.com/bio101/2006/8205_7.htm

6.NCBI BLAST 序列比对软件

    下载与手册:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/

7 De Novo Assembly
   Velvet – De novo assembly of short reads
     – Daniel Zerbino and Ewan Birney, EMBL-EBI
     – http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/
   SSAKE – Assembly of short reads
     – Group: Rene Warren, et al; British Columbia
     – http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/full/23/4/500
   Euler SR – Genomic Assembly
     – Group: Pavel Pevzner, Mark Chaisson; UC San Diego
     – http://nbcr.sdsc.edu/euler/

 8 Genomic Alignment Browsers
    Gbrowse – Genomic Browsing
      – Generic Model Organism Database Project
      – http://www.gmod.org/wlk/index.pho/Gbrowse
    UCSC Browser – Genome browsing and comprehensive
    annotation
      – Generic Model Organism Database Project
      – http://www.genome.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html
    Anno-J – Genome Annotation and Visualization
      – Computational Systems Biology Center of Excellence
      – http://www.annoj.org/csb_index.shtml

 9
Alignment and Polymorphism Detection
    MAQ – Mapping and Assembly with Quality
       – Heng Li, Sanger Centre
       – http://maq.sourceforge.net/maq-man.shtml
    SOAP – Short Oligonucleotide Alignment Program
       – Ruiqiang Li, Beijing Genomics Institute
       – http://soap.genomics.org.cn/
    Consed – Alignement and Polymorphism Detection
       – Green Lab, U. Washington (commercial offering)
       – http://bozeman.mbt.washington.edu/consed/consed.html
   BLAT:
   源代码:
http://www.soe.ucsc.edu/~kent/src/ 下载包:blatSrc33.zip
   可执行文件:
http://genome-test.cse.ucsc.edu/~kent/exe/ 里面有针对各操作系统编译
   BOWTIE:
          
      https://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=236897&package_id=288231


10 ChIP Sequencing
   ChIP-Seq Peak Finder
     – Barbara Wold, Cal Tech and Rick Meyers, Stanford University
     – http://woldlab.caltech.edu/html/software/
11 Digital Gene Expression
   Comparative Count Display
     – Alex Lash, NIH
     – ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/sage/obsolete/bin/ccd/
  12  SAGE DGED Tool
     – Cancer Genome Anatomy Project
     – http://cgap.nci.nih.gov/SAGE/SDGED_Wizard?METHOD=SS10,LS108ORG=Hs


 13 peak SOFTWARE
       Code                          Web Site
CisGenome   
http://www.biostat.jhsph.edu/~hji/cisgenome/
FindPeaks   http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/findpeaks
SISSRS       http://www.rajajothi.com/sissrs/
MACS         http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/
QuEST        http://mendel.stanford.edu/sidowlab/downloads/quest/



http://mi.caspur.it/ngs/software_review.php

Software Review




Tool Web Category References Sequencing platform1
AB mapreads 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment Unpublished SO
Bowtie 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
BWA 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
CloudBurst 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
ELAND 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment
GA
MOM 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
MuMRescueLite 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment Unpublished SO
PASS 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO, GS
SHRiMP 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO
Soap 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
Vmatch 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
ZOOM 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO
MAQ 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment and variant detection 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, (preliminary functions for SO)
SeqMap 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Alignment with insertions/deletions 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
RMAP 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
ChIPDiff 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
Chipseq_peak_finder 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
CisGenome 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
F-Seq 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
FindPeaks 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO, GS
MACS 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
QuEST 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
SISSRS 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 ChipSeq analysis 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
G-Mo.R-Se 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Gene annotation 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
UEA plant sRNA toolkit 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 General smallRNA tools 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
mirDeep 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 mirRNA identification 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO, GS
MirCat 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 mirRNA identification 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
CLEAVELAND 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 smallRNA target identification (plants) 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
ALLPATHS 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
EDENA 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
EULER-SR 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
QSRA 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
SHARCGS 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
SSAKE 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO, GS
VCAKE 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO, GS
Velvet 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 short read assembly 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
POLYBAYES 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 SNP calling 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南
SLIDER 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 SNP calling 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA, SO, GS
QPalma 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Spliced Read Mapping 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
Tophat 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Spliced Read Mapping; transcripts quantification 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
Erange 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 Splice identification - transcript abundance 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 GA
FluxCapacitor 生物信息学软件下载地址 - fhqdddddd - 流浪云南 transcript abundance Unpublished GA, SO, GS

1 GA = Genome Analyzer (Illumina/Solexa), SO = SOLiD (Applied Biosystems), GS = GS FLX (454 Life Sciences)



  评论这张
 
阅读(902)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2016