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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(一):R和BioConductor简介  

2009-11-26 22:51:00|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://i.azpala.com/2008/05/01/microarray-data-analysis-using-r-and-bioconductor-step1-introduction/


用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(一):R和BioConductor简介

R是开源的统计计算和作图语言,与S语言很相似。R的语法与其他语言很相似,功能很强大,可以到这里看看截图。主页是 http://www.r-project.org/
可以点击这里下载最新版R-2.7.0,这里有很权威的英文教程。本站提供几本中文教程(pdf)的打包下载,更多的随便搜索一下就可以找到。

BioConductor是建立在R语言环境上的生物芯片数据和基因组数据分析软件包,主页是 http://www.bioconductor.org/
BioConductor由许多package组成,可以全部安装,也可以单独安装。BioConductor的安装是在R控制台,输入:
source(”http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite()
更多安装设置请看这里
如果只想单独安装其中某些package,可以在http://bioconductor.fhcrc.org/packages/1.9/bioc/ 看到最新版BioConductor中所有package的列表。
BioConductor的使用文档可以在这里找到,而这里给出了其中package的简单使用方法。

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