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专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所研究方向  

2009-11-23 11:24:23|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所

(中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所)www.picb.ac.cn

 

研究所简介

中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所(中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所)由中国科学院与德国马克斯?普郎克学会(简称马普学会)合作共建,于2005年10月成立,是我国第一个计算生物学领域的科研机构。

交叉学科

计算生物学是生物学的一个分支,根据美国国家卫生研究院(NIH)的定义,它是理论与数据分析、数学建模和计算模拟在生物学、行为学、社会群体系统中的应用与研究。计算生物学是生物科学与数学和计算机科学等科学相融合后产生的一门新兴交叉学科。过去二十年,随着人类基因组工程的实施和深入,生物学数据获得前所未有的增加,数据的内容也从生理生化数据向遗传、结构、功能及其相互关系等数据发展。同一时期,计算机微处理器芯片、半导体存储器和系统软件也在按照指数方式增长。如何有效利用组合学、统计学等数学方法和现代计算机的强大计算能力,从这些生物学数据中提取有用的知识、发现重大的科学规律,成为生物学家、数学家、计算机学家们面临的巨大挑战,从而导致了计算生物学、生物信息学的产生和发展。生物信息学是对生物学中所得信息的采集、存贮、分析与可视化处理, 而计算生物学,如上文所述,是运用计算技术对生物学问题进行研究。

21 世纪生命科学的一个战略目标是获取关于生命活动和过程的定量知识。这不仅是生命科学知识的深化和研究方法的转变,而且将在短短几年内影响到生物、医学、农业及军事众多领域。计算生物学作为一个新兴学科,已成为当今生命科学和数学科学、计算机科学最具活力的前沿和核心领域之一。近10年来,美国国家卫生研究院、加州大学、斯坦福大学、德克萨斯大学、芝加哥大学、威斯康星大学等机构均成立了计算生物学中心,德国、法国、澳大利亚、意大利、新加坡等国也纷纷建立了计算生物学研究机构。同一时期,国内也有众多高校和研究所开始进行计算生物学领域的研究工作。

 

研究领域:

(1)组合数学与几何学实验室(系):

其重点领域是:组合学在系统发生学中的应用;分子进化;蛋白质组学和计算化学中的拓扑学方法;生物数据分析中的模式识别算法;数据可视化图像处理;生物医学图像处理;拓扑蛋白质组学;临床基因网络等基础理论研究。

(2)计算基因组学实验室(系):

其重点领域为:群体遗传结构研究;人类复杂遗传疾病研究;生物网络重组研究 ;功能基因组学;比较生物学;信号传递和生物系统;进化基因组学和人类遗传多样性研究等。

(3)生物物理学实验室(系):

其重点领域为:利用生物物理和计算生物学相结合的交叉学科研究方法,研究细胞内蛋白质折叠、蛋白质反应机理、蛋白质相互作用及蛋白质网络问题。

 

专业名称:计算生物学

招收学生专业背景:生物、计算机、数学、物理、 化学、统计等。

招生方式:1、保送生  2、统考生。全部是公费

培养方式:硕博士连读5年制

奖学金制度:

硕士生:1600—1700/人/月

博士生:1900—2300/人/月

奖研金制度:

硕士生:最高2500/人/年

博士生:最高 5000/人/年

 

我所特色:

1、  导师来自6个国家,大部分导师是外籍,具有多元化文化背景和专业背景。

2、  世界各国著名学者频繁来所进行学术交流。

3、  几乎所有课程都是英文讲授。

4、  全所工作语言是英语。

5、  每位优秀学生都有机会在上学期间去国外学习或交流访问。

6、  研究所与众多国际知名大学和研究机构开展研究合作。

 

 

人才队伍:

研究组组长:15人; 科研人员:68人。

硕博连读研究生:61人;中德联合培养博士生:2人。

 

国际合作:

我所成立的宗旨之一是开展广泛的国内国际学术交流,成为中国与国际计算生物学界进行高层次学术交流的窗口和基地。成立两年多来,我所已成功主办了七次涉及计算生物学和进化生物学等领域的高水平、高质量的国际学术研讨会和生物数学、结构生物学、系统基因组学和计算神经生物学等一系列国际培训课程。

在与国内外合作方面,我所与国内外多所大学及研究机构建立了合作关系。与德国的比勒菲尔德大学、莱比锡大学、英国的东英格兰大学,美国的斯坦福大学、加里福尼亚大学、宾夕法尼亚大学,新西兰的艾伦威尔森分子生态和进化中心,土耳其的中东技术大学建立了良好的合作关系。国内方面,我所与上海巴斯德研究所、南开大学、复旦大学、上海交通大学等院校已开展了众多学术交流活动,并将进一步建立合作关系。     

    

主要研究成果:

研究所成立三年来在科研上取得了令人瞩目的成绩。在SCI收录的杂志上发表研究论文53篇,IF﹥10的有7篇,其中两篇发表在《nature Technology》、《nature》等国际期刊上。

 

招生信息:

招生联系人:李老师

地址:上海市岳阳路320号计算生物学研究所,邮编:200031;电话:021- 5492-0480,

Email: sqli@sibs.ac.cn

 

 

导师介绍(导师详细信息见www.sibs.ac.cn “研究生教育”):

 


Andreas Dress(德国,所长,研究组长:组合数学与几何学实验室)

德国基尔大学博士,柏林自由大学、比勒菲尔德大学教授。曾为多所国际著名大学高级访问学者和客座教授。研究方向包括组合数学与几何学,组合学在系统发生学中的应用,拓扑蛋白质组学和分子进化等。

 

金力 (中国,所长,研究组长:计算基因组学实验室)

复旦大学、德克萨斯大学休斯顿健康科学中心研究生院博士,斯坦福大学医学院遗传学系博士后,辛辛那提大学医学院环境卫生系基因组信息中心教授(终身教职),复旦大学生命科学学院院长,复旦大学副校长,中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所所长。研究方向:计算基因组学,包括群体的遗传结构研究,人类复杂疾病遗传研究,生物网络构建研究,代谢途径控制模型研究。

 

Klaus Gerwert (德国,所长,研究组长:生物物理学研究组)

德国Freiburg University大学博士,德国比勒菲尔德大学生物化学博士后,德国波鸿大学生物物理系研究员。研究方向:细胞内蛋白质折叠、蛋白质反应机理、蛋白质相互作用及蛋白质网络

 

Stefan Gruenewald (德国,研究组长:系统发生组合数学研究组)

德国比勒菲尔德大学数学系博士、博士后, 瑞典马普萨拉林奈大学分析复杂生物资料学科研究中心和新西兰坎特伯雷大学访问学者。研究方向:系统发生树的相容性,网格进化与进化网络。

 

Frauke Grater (德国,研究组长:蛋白质动力学与进化研究组)

德国马普学会生物物理化学研究所博士;德国马普学会生物物理化学研究所、美国哥伦比亚大学博士后。研究方向:通过作用机理、动力学性质及分子进化来研究蛋白质及其他生物大分子的功能。

 

严军 (中国,研究组长:功能基因组学研究组)

美国纽约大学博士,美国阿拉斯加费尔班克斯大学博士后。主要研究方向:冬眠的分子生物学机制,基因调控网络研究和生物物理研究。

 

Philipp Khaitovich (俄罗斯,研究组长:比较生物学研究组)

莫斯科州立大学学士,美国伊利诺州州立大学博士,美国伊利诺州州立大学、德国马普学会进化所博士后,德国莱比锡大学助理研究员。研究方向:比较生物学。

 

李海鹏(中国,研究组长:进化基因组学研究组)

中科院昆明动物研究所博士,美国德克萨斯大学、德国慕尼黑大学、德国科隆大学博士后。研究方向:进化基因组学,群体遗传学和生物信息学

 

杨劲(中国,研究组长:信号传递与生物系统研究组)

美国莱斯大学生物工程博士,美国洛斯阿拉莫斯国家试验室理论生物与生物物理组、美国进化与理论免疫学中心博士后。研究方向:信号传递与生物系统

 

Christine Nardini (意大利,研究组长:临床基因网络研究组)

意大利博洛尼亚大学博士,美国斯坦福大学访问学者。研究方向:临床基因网络

 

Axel Mosig (德国, 高级科研人员,组合数学与几何学实验室)

德国波恩大学博士,德国莱比锡大学博士后。研究方向:计算生物学,比较基因组学,拓扑学。

 

唐鲲 (中国,研究组长:人类进化多样性研究组)

新加坡国立大学博士,德国马普学会人类进化所博士后。研究方向:人类进化多样性。

 

 

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