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云之南

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关于我

专业背景:计算机科学 研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发, 生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统 目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学

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生物信息学---从培训班课程目录进行分析  

2009-11-14 11:03:08|  分类: 生物信息学 |  标签: |举报 |字号 订阅

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http://blog.51xuewen.com/dhlbh/article_11293.htm
第四期生物信息学(含实验技术)培训班
第一轮通知
 
主办单位:上海市生物信息学会、上海生物信息技术研究中心
承办单位:上海众信生物技术有限公司
支持单位:上海博星基因芯片有限责任公司
上海中科新生命生物科技有限公司
源资信息科技(上海)有限公司
培训时间:09年4月中旬,为期5天
培训地点:上海
 
面对浩如烟海的原始数据,您是否正为不知如何收集、整理、获取有用信息而苦恼?
面对纷繁复杂的分析工具,您是否正为不知如何选择、如何使用而一筹莫展?
如果您和我们一样热爱生物信息
如果您面对数据分析不知从何着手
如果您苦于课题没有新思路
……
我们的生物信息学培训班也许能给您满意的答案,上海生物信息技术研究中心与上海众信生物技术有限公司、上海博星基因芯片有限责任公司、上海中科新生命生物科技有限公司、源资信息科技(上海)有限公司携手为您打造一场生物信息学盛宴。
 
在这里,您可以系统学习生物信息学在生命科学各领域的应用方法,培训班围绕“基因组测序—转录组—蛋白质组—系统生物学”这条主线,实实在在教您如何一步步从实验到数据再到数据分析,如何将生物信息学贯穿其中。
 
在这里,生物信息学各课题组专家将与您分享他们在生物信息学研究中的经验和体会,帮助您掌握生物信息学基本概念及研究思路,学习生物信息学在生命科学、农学及医学中的应用,了解生物信息学的最新进展。
 
在这里,针对理论课内容,我们精心挑选了相应的上机软件,每人一台PC机,为每位学员提供实际操作的机会,手把手教您如何运用生物信息学软件解决您在学习、工作中遇到的数据分析问题。
 
此次生物信息培训班较前面三期,培训内容更加系统、全面,师资力量更加雄厚,他们或是生物信息中心资深课题组长,亦或是各大生物公司科研骨干,长期参与各类项目实践,并有丰富的教学经验,相信您一定能学有所获。
 
理论课内容
u       生物信息学概论
讲课人:李亦学,上海生物信息技术研究中心主任,中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任,研究员,博士生导师。
u       新一代高通量DNA测序技术---Roche 454测序系统  
讲课人:郑华军,国家人类基因组南方研究中心助理研究员,基因组测序部项目组组长。                  
u       基因组数据分析
讲课人:曹志伟,同济大学生命科学与技术学院教授,上海生物信息技术研究中心功能基因研究组课题组长。
u       新一代高通量测序数据分析流程及工作流平台bio-data miner的介绍  
讲课人:郝沛,中国科学院上海生命科学研究院副研究员,上海生物信息技术研究中心生物信息技术软件应用研发组课题组长。
u       序列同源性比对软件BLAST    
讲课人:何有裕,上海众信生物技术有限公司高级项目工程师,资深生物信息学分析人员。
u       Illumina光纤微珠芯片技术原理及应用              
讲课人:谭建新,上海博星基因芯片有限责任公司高级技术支持。
u       基因表达谱数据分析思路及其在Bioconductor中的实现方案             
讲课人:喻辉,上海生物信息技术研究中心系统生物学课题组成员,资深芯片数据分析人员。
u       进化分析                    
讲课人:钟扬,复旦大学生命科学学院教授,植物学和生物信息学博士生导师,上海生物信息技术研究中心副主任。
u       蛋白质组学实验技术与最新进展      
讲课人:上海中科新生命生物科技有限公司高级技术支持。
u       蛋白质与蛋白质组学数据分析  
讲课人:俞鸿,上海众信生物技术有限公司高级项目工程师,资深生物信息学分析人员。
u       蛋白质同源建模及底物设计                    
讲课人:程铁军,博士,源资信息科技(上海)有限公司高级技术支持。
u       系统生物学与代谢网络分析                 
讲课人:李园园,中国科学院上海生命科学研究院副研究员,上海生物信息技术研究中心系统生物学研究组课题组长。
 
上机内容
1、基因预测系统glimmer,通过build-icm程序对该物种已知的基因序列生成一个马尔可夫模型参数集合,再应用这个参数集对DNA序列进行基因预测。全基因组快速比对系统MUMmer的学习与应用。
2、序列比对工具BLAST,能够快速找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性高低,帮助我们了解蛋白编码基因的功能注释原理。
3、基因表达微阵列数据分析显示软件GenMAPP,可对大量的基因表达数据进行可视化处理、生物通路分析。生物通路图来源于KEGG数据库。通过GenMAPP可对任何感兴趣的生物过程进行基因差异表达分析。
4、全局多序列比对程序Clustal,通过对核酸、蛋白质序列进行多序列比对,为进一步构建分子进化树等进化分析提供基础。通过学习Mega 等软件掌握分子进化和遗传学分析过程,Mega因其良好的图形化界面和详尽的帮助系统已成为分子进化和系统发育分析领域最常用的软件之一。
5、蛋白质网络分析及可视化软件Cytoscape,用于展示和检索网络,用可视化的方式整合指定数据所对应的网络。网络构建与计算软件Pajek的基本应用。
 
授课方式
采用理论与上机实践相结合的方式进行授课,我们将为每位学员配备一台PC机。
 
报名方法
如果您有兴趣参加本次培训班,请填写好下面的回执,发送邮件至 liuling@biosino.com.cn ,也可以拨打我们的服务电话 021-54065039 (周一至周五9:30-17:30) 13601873545 (刘玲)。我们将发给您详细教学日程表和报到通知,您一旦确定,我们将为您保留座位。
 
培训费用及相关事项
培训费:
工作人员:3000元/人(含上机费及中餐)
学生:    2400元/人(含上机费及中餐)
资料费: 100元/人
住宿:
可安排住宿,费用自理。
付费方法:
1.汇款至 上海众信生物技术有限公司
开户银行:中国光大银行上海分行营业部
汇款帐号 106084-88000093915
2.     培训报到当天现金支付
 
联系人:刘玲(13601873545)
办公电话: 021-54065039
通讯地址:上海市钦州路100号2号楼4楼 (200235)上海众信生物技术有限公司
公司网址: www.biosino.com.cn




从培训班课程目录进行分析

理论课内容
? 生物信息学概论
讲课人:李亦学,上海生物信息技术研究中心主任,中科院上海生命科学研究院系统生物学重点实验室副主任,研究员,博士生导师。更多…


新一代高通量DNA测序技术---Roche 454测序系统
讲课人:郑华军,国家人类基因组南方研究中心助理研究员,基因组测序部项目组组长。

deep sequence 技术备受关注,目前对高通量DNA测序技术已经有了部分了解。如果需要,可以进一步研究。


? 基因组数据分析
讲课人:曹志伟,同济大学生命科学与技术学院教授,上海生物信息技术研究中心功能基因研究组课题组长。更多…

该领域备受关注,以后可能在这里上博士,密切关注曹教授的研究。


? 新一代高通量测序数据分析流程及工作流平台bio-data miner的介绍
讲课人:郝沛,中国科学院上海生命科学研究院副研究员,上海生物信息技术研究中心生物信息技术软件应用研发组课题组长。更多…

技术的发展是基础,期待更强的大的平台出现,同时,工具的选择也是一个问题,密切关注最新技术的发展,有了技术才有实力。


? 序列同源性比对软件BLAST
讲课人:何有裕,上海众信生物技术有限公司高级项目工程师,资深生物信息学分析人员。

同源性比对,永远都不过时,怎么夸都不过分。任何结论都是在比较和总结的基础上提出来的。


? Illumina光纤微珠芯片技术原理及应用
讲课人:谭建新,上海博星基因芯片有限责任公司高级技术支持。

看好芯片技术,期待更好的更廉价的芯片出现。


? 基因表达谱数据分析思路及其在Bioconductor中的实现方案
讲课人:喻辉,上海生物信息技术研究中心系统生物学课题组成员,资深芯片数据分析人员。

基于Bioconductor的芯片数据分析是我需要学习并熟练掌握的技术,可惜没有太多的实践机会。


? 进化分析
讲课人:钟扬,复旦大学生命科学学院教授,植物学和生物信息学博士生导师,上海生物信息技术研究中心副主任。更多…

估计未来几年主要干这一行,密切关注该领域。


? 蛋白质组学实验技术与最新进展
讲课人:上海中科新生命生物科技有限公司高级技术支持。


? 蛋白质与蛋白质组学数据分析
讲课人:俞鸿,上海众信生物技术有限公司高级项目工程师,资深生物信息学分析人员。


? 蛋白质同源建模及底物设计
讲课人:程铁军,博士,源资信息科技(上海)有限公司高级技术支持。


? 系统生物学与代谢网络分析
讲课人:李园园,中国科学院上海生命科学研究院副研究员,上海生物信息技术研究中心系统生物学研究组课题组长。更多…
 

蛋白质分析是未来的主要方向,但近几年,可能更多的聚焦于基因水平。聚焦于基本技能的打磨。


上机内容
1、基因预测系统glimmer,通过build-icm程序对该物种已知的基因序列生成一个马尔可夫模型参数集合,再应用这个参数集对DNA序列进行基因预测。全基因组快速比对系统MUMmer的学习与应用。
2、序列比对工具BLAST,能够快速找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性高低,帮助我们了解蛋白编码基因的功能注释原理。
3、基因表达微阵列数据分析显示软件GenMAPP,可对大量的基因表达数据进行可视化处理、生物通路分析。生物通路图来源于KEGG数据库。通过GenMAPP可对任何感兴趣的生物过程进行基因差异表达分析。
4、全局多序列比对程序Clustal,通过对核酸、蛋白质序列进行多序列比对,为进一步构建分子进化树等进化分析提供基础。通过学习Mega等软件掌握分子进化和遗传学分析过程,Mega因其良好的图形化界面和详尽的帮助系统已成为分子进化和系统发育分析领域最常用的软件之一。
5、蛋白质网络分析及可视化软件Cytoscape,用于展示和检索网络,用可视化的方式整合指定数据所对应的网络。网络构建与计算软件Pajek的基本应用。

自学掌握这5大工具。



标签:生物信息学   
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